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- PDB-1nob: KNOB DOMAIN FROM ADENOVIRUS SEROTYPE 12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nob
タイトルKNOB DOMAIN FROM ADENOVIRUS SEROTYPE 12
要素PROTEIN (FIBER KNOB PROTEIN)
キーワードVIRAL PROTEIN / RECEPTOR BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
Adenovirus pIV-related, attachment domain / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human adenovirus 12 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Bewley, M.C. / Springer, K. / Zhang, Y.B. / Freimuth, P. / Flanagan, J.M.
引用ジャーナル: Science / 年: 1999
タイトル: Structural analysis of the mechanism of adenovirus binding to its human cellular receptor, CAR.
著者: Bewley, M.C. / Springer, K. / Zhang, Y.B. / Freimuth, P. / Flanagan, J.M.
履歴
登録1999年5月5日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (FIBER KNOB PROTEIN)
B: PROTEIN (FIBER KNOB PROTEIN)
C: PROTEIN (FIBER KNOB PROTEIN)
D: PROTEIN (FIBER KNOB PROTEIN)
E: PROTEIN (FIBER KNOB PROTEIN)
F: PROTEIN (FIBER KNOB PROTEIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,6676
ポリマ－119,6676
非ポリマー00
水00
1
A: PROTEIN (FIBER KNOB PROTEIN)
B: PROTEIN (FIBER KNOB PROTEIN)
C: PROTEIN (FIBER KNOB PROTEIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8333
ポリマ－59,8333
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5990 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area20220 Å2
手法PISA
2
D: PROTEIN (FIBER KNOB PROTEIN)
E: PROTEIN (FIBER KNOB PROTEIN)
F: PROTEIN (FIBER KNOB PROTEIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8333
ポリマ－59,8333
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6020 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.910, 104.820, 77.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.401223, -0.613278, 0.680375), (0.915832, -0.255212, 0.310031), (-0.016495, 0.7475, 0.664057)8.0953, -30.4701, 11.7403
2given(-0.4004, 0.915881, -0.029034), (-0.603457, -0.239707, 0.760513), (0.689579, 0.32203, 0.648673)31.6684, -12.0346, -3.2106
3given(0.999514, -0.017305, -0.02594), (0.027034, 0.895478, 0.444285), (0.015541, -0.44477, 0.89551)16.7759, -39.4777, 53.3371
4given(-0.397781, 0.837363, 0.374958), (-0.584753, -0.546307, 0.599678), (0.70699, 0.019283, 0.706961)-12.4872, 28.0182, 29.0256
5given(-0.380651, -0.844885, 0.375864), (0.924392, -0.358478, 0.130361), (0.024599, 0.397068, 0.91746)61.7458, 10.3491, 16.2028

-
要素

#1: タンパク質
PROTEIN (FIBER KNOB PROTEIN)


分子量: 19944.477 Da / 分子数: 6 / 断片: KNOB / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus 12 (ヒトアデノウイルス)
属: Mastadenovirus / 生物種: Human adenovirus A / Variant: SEROTYPE 12 / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): T7 / 参照: UniProt: P36711

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化pH: 7 / 詳細: 26% PEG 3350, pH 7.0
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
濃度: 26 % / 一般名: PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 99 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 27987 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.22 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.1
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Mean I/σ(I) obs: 3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KNB

1knb


解像度: 2.6→20 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 1125 3.7 %SHELLS
Rwork0.24 ---
obs-30086 93 %-
溶媒の処理Bsol: 63 Å2 / ksol: 0.43 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.26 Å20 Å24.405 Å2
2--2.027 Å20 Å2
3---1.236 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8406 0 0 0 8406
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 3.7 % / Rfactor obs: 0.241 / Rfactor Rfree: 0.29 / Rfactor Rwork: 0.24
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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