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Yorodumi- PDB-3qnd: crystal structure of Ad37 fiber knob in complex with trivalent si... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3qnd | ||||||
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Title | crystal structure of Ad37 fiber knob in complex with trivalent sialic acid inhibitor | ||||||
Components | Fiber proteinFibrous protein | ||||||
Keywords | CELL ADHESION/INHIBITOR / fiber knob / protein carbohydrate interaction / carbohydrate mimetic / multivalent ligand / viral protein-inhibitor complex / CELL ADHESION-INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Human adenovirus 37 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Stehle, T. / Bauer, J. / Elofsson, M. | ||||||
Citation | Journal: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / Year: 2011 Title: A potent trivalent sialic Acid inhibitor of adenovirus type 37 infection of human corneal cells. Authors: Spjut, S. / Qian, W. / Bauer, J. / Storm, R. / Frangsmyr, L. / Stehle, T. / Arnberg, N. / Elofsson, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3qnd.cif.gz | 446.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3qnd.ent.gz | 370.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3qnd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/3qnd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/3qnd | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1uxeS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21716.535 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP residues 177-365 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human adenovirus 37 / Gene: L5 / Plasmid: pPROEX Htb / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3)pLysS / References: UniProt: Q64823 #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Sugar | ChemComp-SIA / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.47 Å3/Da / Density % sol: 50.14 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.9 Details: 26% PEG 8000, 0.05M zinc acetate, 0.1 M HEPES, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.91841 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Mar 26, 2010 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si-111 crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→35 Å / Num. all: 51086 / Num. obs: 50848 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 16.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.46 Å / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 99.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1uxe Resolution: 2.4→34.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 20.188 / SU ML: 0.217 / Isotropic thermal model: isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.472 / ESU R Free: 0.279 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 38.731 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→34.47 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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