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- PDB-3qnd: crystal structure of Ad37 fiber knob in complex with trivalent si... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qnd
タイトルcrystal structure of Ad37 fiber knob in complex with trivalent sialic acid inhibitor
要素Fiber protein
キーワードCELL ADHESION/INHIBITOR / fiber knob / protein carbohydrate interaction / carbohydrate mimetic / multivalent ligand / viral protein-inhibitor complex / CELL ADHESION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Adenovirus pIV-related, attachment domain / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-alpha-neuraminic acid / Fiber
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus 37 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Stehle, T. / Bauer, J. / Elofsson, M.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2011
タイトル: A potent trivalent sialic Acid inhibitor of adenovirus type 37 infection of human corneal cells.
著者: Spjut, S. / Qian, W. / Bauer, J. / Storm, R. / Frangsmyr, L. / Stehle, T. / Arnberg, N. / Elofsson, M.
履歴
登録2011年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月10日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fiber protein
B: Fiber protein
C: Fiber protein
E: Fiber protein
F: Fiber protein
G: Fiber protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,61319
ポリマ－130,2996
非ポリマー2,31313
水5,278293
1
A: Fiber protein
B: Fiber protein
C: Fiber protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2749
ポリマ－65,1503
非ポリマー1,1246
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8200 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area21210 Å2
手法PISA
2
E: Fiber protein
F: Fiber protein
G: Fiber protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,33910
ポリマ－65,1503
非ポリマー1,1897
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8170 Å2
ΔGint-156 kcal/mol
Surface area20970 Å2
手法PISA
3
E: Fiber protein
F: Fiber protein
G: Fiber protein
ヘテロ分子

A: Fiber protein
B: Fiber protein
C: Fiber protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,61319
ポリマ－130,2996
非ポリマー2,31313
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x+1/2,-y,z+1/21
Buried area16830 Å2
ΔGint-338 kcal/mol
Surface area41710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.190, 108.645, 112.511
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Fiber protein / Fiber protein


分子量: 21716.535 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 177-365 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus 37 (ヒトアデノウイルス)
遺伝子: L5 / プラスミド: pPROEX Htb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q64823
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 糖
ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 26% PEG 8000, 0.05M zinc acetate, 0.1 M HEPES, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月26日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→35 Å / Num. all: 51086 / Num. obs: 50848 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1uxe

1uxe


解像度: 2.4→34.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 20.188 / SU ML: 0.217 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.472 / ESU R Free: 0.279 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26349 2543 5 %RANDOM
Rwork0.22132 ---
obs0.2234 48305 100 %-
all-50848 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.731 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.39 Å20 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----3.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→34.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8652 0 133 293 9078
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0229004
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8861.96212281
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.26851108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.12225.351370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.764151467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0971514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.21421
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0216716
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2391.55523
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.43528998
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.33333481
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.5614.53278
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 184 -
Rwork0.286 3485 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6231-0.4862-0.55730.543-0.04861.95950.21540.13-0.0282-0.1223-0.09370.0557-0.3285-0.1633-0.12180.22050.1206-0.03360.08070.00490.073616.96522.322-32.578
20.7463-0.19610.15461.09370.45271.851-0.0957-0.0243-0.12870.05270.02780.07750.1048-0.01990.06790.08250.0413-0.02680.0578-0.00290.106917.1785-16.7682-13.1499
30.3874-0.1183-0.67820.90680.41072.14870.0791-0.12860.0305-0.05110.0163-0.1521-0.5392-0.1696-0.09540.1940.14180.00390.2224-0.03040.075917.72419.6684-6.2768
40.29260.3620.13810.47370.28091.5640.0919-0.10830.04680.1851-0.16610.07710.2391-0.1160.07420.215-0.10840.07730.0951-0.02740.046569.7522-3.1756-0.7244
51.00630.2533-0.39550.52540.03441.54610.07410.04430.06960.0272-0.19-0.0271-0.2033-0.27240.11580.12480.02990.02410.1447-0.0280.075269.796917.1653-18.7807
60.45330.30070.27751.1658-0.08921.2471-0.02880.0972-0.0184-0.0489-0.072-0.11210.2639-0.24210.10080.1369-0.08310.0380.1641-0.03540.053969.8062-8.6431-27.51
70.18070.0520.0390.0264-0.02370.13850.01170.01930.0134-0.00240.00260.0139-0.03820.004-0.01430.15760.0203-0.00170.0468-0.02480.155852.5334-2.0987-17.4003
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A182 - 365
2X-RAY DIFFRACTION2B181 - 365
3X-RAY DIFFRACTION3C183 - 365
4X-RAY DIFFRACTION4E182 - 365
5X-RAY DIFFRACTION5F182 - 365
6X-RAY DIFFRACTION6G183 - 365
7X-RAY DIFFRACTION7A10 - 168
8X-RAY DIFFRACTION7C17 - 171
9X-RAY DIFFRACTION7B11 - 163
10X-RAY DIFFRACTION7E4 - 170
11X-RAY DIFFRACTION7G2 - 161
12X-RAY DIFFRACTION7F19 - 155
13X-RAY DIFFRACTION7A379 - 450
14X-RAY DIFFRACTION7C397 - 468
15X-RAY DIFFRACTION7B368 - 502
16X-RAY DIFFRACTION7E367 - 503
17X-RAY DIFFRACTION7G370 - 505
18X-RAY DIFFRACTION7F366 - 499

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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