[日本語] English
万見
- PDB-3n0i: Crystal Structure of Ad37 fiber knob in complex with GD1a oligosa... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n0i
タイトルCrystal Structure of Ad37 fiber knob in complex with GD1a oligosaccharide
要素Fiber
キーワードCELL ADHESION / adenovirus / fiber knob / ganglioside / GD1a / virus-receptor complex / oligosaccharide structure / protein carbohydrate interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Adenovirus pIV-related, attachment domain / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human adenovirus 37 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Nilsson, E.C. / Storm, R.J. / Bauer, J. / Johansson, S.M.C. / Lookene, A. / Angstroem, J. / Hedenstroem, M. / Fraengsmyr, L. / Rinaldi, S. / Willison, H. ...Nilsson, E.C. / Storm, R.J. / Bauer, J. / Johansson, S.M.C. / Lookene, A. / Angstroem, J. / Hedenstroem, M. / Fraengsmyr, L. / Rinaldi, S. / Willison, H. / Domelloef, F.P. / Stehle, T. / Arnberg, N.
引用ジャーナル: NAT.MED. (N.Y.) / 年: 2011
タイトル: The GD1a glycan is a cellular receptor for adenoviruses causing epidemic keratoconjunctivitis.
著者: Nilsson, E.C. / Storm, R.J. / Bauer, J. / Johansson, S.M. / Lookene, A. / Angstrom, J. / Hedenstrom, M. / Eriksson, T.L. / Frangsmyr, L. / Rinaldi, S. / Willison, H.J. / Domellof, F.P. / Stehle, T. / Arnberg, N.
履歴
登録2010年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月19日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fiber
B: Fiber
C: Fiber
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6367
ポリマ－65,1503
非ポリマー1,4864
水9,494527
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6370 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area21400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.990, 69.770, 74.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Fiber / Fiber protein


分子量: 21716.535 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 177-365 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus 37 (ヒトアデノウイルス)
遺伝子: L5 / プラスミド: pPROEX Htb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q64823
#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)]beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1290.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-3DGalpNAcb1-4[DNeup5Aca2-3]DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3-4-2-3/a4-b1_b3-c2_b4-d1_d3-e1_e3-f2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}[(4+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 26% PEG 8000, 0.05M zinc acetate, 0.1M HEPES, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: DCM Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→32.9 Å / Num. all: 75294 / Num. obs: 74636 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2.2 / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 5420 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1uxe

1uxe


解像度: 1.65→32.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 3.871 / SU ML: 0.06 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2.2 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.187 1494 2 %2.0% of reflections
Rwork0.16 ---
all0.16 74636 --
obs0.16 73139 99.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.587 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.42 Å20 Å20.8 Å2
2--0.27 Å20 Å2
3----0.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→32.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4335 0 91 527 4953
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224577
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022996
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5021.976252
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09137390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4615566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.81825.351185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.67515751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.403157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2736
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214986
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02886
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.75162784
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.94761117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.41354549
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.60871793
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4261697
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 108 -
Rwork0.25 5297 -
obs-21215 98.5 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -15.9383 Å / Origin y: 0.7706 Å / Origin z: -19.1258 Å
111213212223313233
T0.0576 Å20.0576 Å2-0.0014 Å2-0.0859 Å20.0367 Å2--0.0928 Å2
L0.9434 °20.5095 °2-0.4618 °2-1.3449 °2-0.6885 °2--1.3157 °2
S-0.0244 Å °-0.107 Å °-0.0795 Å °-0.0496 Å °-0.1394 Å °-0.2539 Å °0.1218 Å °0.2181 Å °0.1638 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A182 - 549
2X-RAY DIFFRACTION1B181 - 511
3X-RAY DIFFRACTION1C183 - 562

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る