+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6qpm | ||||||
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Title | Adenovirus serotype 10 Fiber-Knob | ||||||
Components | Fiber protein | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / Adenovirus / AdV / HAdV / HAdV-D10 / Ad10 / serotype 10 / Fiber / Fiber-knob / Fibre / knob domain / head / pIV / protein IV / Adenoviridae | ||||||
Function / homology | Function and homology information adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Human adenovirus D10 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.39 Å | ||||||
Authors | Baker, A.T. / Rizkallah, P.J. | ||||||
Citation | Journal: Mol Ther Oncolytics / Year: 2022 Title: Development of a low-seroprevalence, alpha v beta 6 integrin-selective virotherapy based on human adenovirus type 10. Authors: Bates, E.A. / Davies, J.A. / Vanova, J. / Nestic, D. / Meniel, V.S. / Koushyar, S. / Cunliffe, T.G. / Mundy, R.M. / Moses, E. / Uusi-Kerttula, H.K. / Baker, A.T. / Cole, D.K. / Majhen, D. / ...Authors: Bates, E.A. / Davies, J.A. / Vanova, J. / Nestic, D. / Meniel, V.S. / Koushyar, S. / Cunliffe, T.G. / Mundy, R.M. / Moses, E. / Uusi-Kerttula, H.K. / Baker, A.T. / Cole, D.K. / Majhen, D. / Rizkallah, P.J. / Phesse, T. / Chester, J.D. / Parker, A.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6qpm.cif.gz | 451.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6qpm.ent.gz | 379.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6qpm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6qpm_validation.pdf.gz | 483 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6qpm_full_validation.pdf.gz | 522.7 KB | Display | |
Data in XML | 6qpm_validation.xml.gz | 42.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6qpm_validation.cif.gz | 55.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/6qpm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/6qpm | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6zc5C 1uxeS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 187 - 369 / Label seq-ID: 23 - 205
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 23108.965 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human adenovirus D10 / Gene: L5 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): SG13009 / References: UniProt: B5BQ05 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.33 Å3/Da / Density % sol: 63.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.2 M Sodium nitrate 0.1 M Bis-Tris propane 7.5 20 % w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.91587 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 12, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91587 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.39→79.49 Å / Num. obs: 25265 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 118.1 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 15.5 |
Reflection shell | Resolution: 3.39→3.58 Å / Rmerge(I) obs: 2.455 / CC1/2: 0.426 / Rrim(I) all: 2.569 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1UXE Resolution: 3.39→79.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 69.905 / SU ML: 0.451 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.484 / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 170.188 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.39→79.49 Å
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Refine LS restraints |
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