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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nob | ||||||
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タイトル | KNOB DOMAIN FROM ADENOVIRUS SEROTYPE 12 | ||||||
要素 | PROTEIN (FIBER KNOB PROTEIN) | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / RECEPTOR BINDING (受容体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / カプシド / 細胞接着 / symbiont entry into host cell / host cell nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human adenovirus 12 (ヒトアデノウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Bewley, M.C. / Springer, K. / Zhang, Y.B. / Freimuth, P. / Flanagan, J.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 1999 タイトル: Structural analysis of the mechanism of adenovirus binding to its human cellular receptor, CAR. 著者: Bewley, M.C. / Springer, K. / Zhang, Y.B. / Freimuth, P. / Flanagan, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nob.cif.gz | 209.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nob.ent.gz | 170.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nob.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/1nob ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/1nob | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19944.477 Da / 分子数: 6 / 断片: KNOB / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human adenovirus 12 (ヒトアデノウイルス) 属: Mastadenovirus / 生物種: Human adenovirus A / Variant: SEROTYPE 12 / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): T7 / 参照: UniProt: P36711 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % |
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: 26% PEG 3350, pH 7.0 |
結晶 | *PLUS |
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 26 % / 一般名: PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 99 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 27987 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.22 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.1 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Mean I/σ(I) obs: 3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1KNB 解像度: 2.6→20 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 63 Å2 / ksol: 0.43 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.02 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 3.7 % / Rfactor obs: 0.241 / Rfactor Rfree: 0.29 / Rfactor Rwork: 0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.7 |