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- PDB-1nco: STRUCTURE OF THE ANTITUMOR PROTEIN-CHROMOPHORE COMPLEX NEOCARZINO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nco
タイトルSTRUCTURE OF THE ANTITUMOR PROTEIN-CHROMOPHORE COMPLEX NEOCARZINOSTATIN
要素HOLO-NEOCARZINOSTATIN
キーワードANTIBACTERIAL AND ANTITUMOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to bacterium / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Neocarzinostatin-like / Neocarzinostatin family / Neocarzinostatin family / Neocarzinostatin-like / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NEOCARZINOSTATIN-CHROMOPHORE / Neocarzinostatin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces carzinostaticus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kim, K.-H. / Kwon, B.-M. / Myers, A.G. / Rees, D.C.
引用ジャーナル: Science / 年: 1993
タイトル: Crystal structure of neocarzinostatin, an antitumor protein-chromophore complex.
著者: Kim, K.H. / Kwon, B.M. / Myers, A.G. / Rees, D.C.
履歴
登録1993年7月13日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HOLO-NEOCARZINOSTATIN
B: HOLO-NEOCARZINOSTATIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9784
ポリマ－22,2002
非ポリマー7782
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.400, 90.400, 52.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Atom site foot note1: RESIDUES PRO A 9 AND PRO B 9 ARE CIS PROLINES.
詳細THE GENERAL NON-CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS BETWEEN TWO MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT WAS DETERMINED BY DENSITY CORRELATION STUDIES AND MANUAL MOLECULAR REPLACEMENT WITH MACROMOMYCIN STRUCTURE AS A MODEL. THE MOLECULE PREFIXED WITH "B" IS THE HOLO-NEOCARZINOSTATIN AND THE MOLECULE WITH "A" IS THE APO-NEOCARZINOSTATIN. THE CURRENT MODEL HAS 226 RESIDUES OF MOLECULES A AND B, 1 NEOCARZINOSTATIN-CHROMOPHORE, 1 MPD AND 161 WATER MOLECULES (1773 NON-HYDROGEN ATOMS TOTAL ).

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要素

#1: タンパク質 HOLO-NEOCARZINOSTATIN


分子量: 11100.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces carzinostaticus (バクテリア)
参照: UniProt: P0A3R9
#2: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CHR / NEOCARZINOSTATIN-CHROMOPHORE / NCS-CHROMOPHORE / ネオカルジノスタチンクロモホア


分子量: 659.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H33NO12 / コメント: 抗腫瘍剤, 抗生剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.89 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
250 mMsodium acetate1drop
370 %MPD1reservoir
450 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / Num. obs: 23556 / % possible obs: 87.8 % / Num. measured all: 146707 / Rmerge(I) obs: 0.071

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
TNT精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor obs: 0.199 / 最高解像度: 1.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1556 0 48 169 1773
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.84
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Rfactor obs: 0.199
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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