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- PDB-3un0: Crystal Structure of MDC1 FHA Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3un0
タイトルCrystal Structure of MDC1 FHA Domain
要素Mediator of DNA damage checkpoint protein 1
キーワードCELL CYCLE / FHA domain / DNA-damage
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication checkpoint signaling / chromatin-protein adaptor activity / protein localization to site of double-strand break / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / histone reader activity / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / G2/M DNA damage checkpoint / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks ...DNA replication checkpoint signaling / chromatin-protein adaptor activity / protein localization to site of double-strand break / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / histone reader activity / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / G2/M DNA damage checkpoint / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / site of double-strand break / Processing of DNA double-strand break ends / chromosome / nuclear body / focal adhesion / DNA repair / DNA damage response / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Regulator of Ty1 transposition protein 107 BRCT domain / Tumour Suppressor Smad4 - #20 / BRCT domain / Tumour Suppressor Smad4 / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily ...: / Regulator of Ty1 transposition protein 107 BRCT domain / Tumour Suppressor Smad4 - #20 / BRCT domain / Tumour Suppressor Smad4 / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mediator of DNA damage checkpoint protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Clapperton, J.A. / Lloyd, J. / Haire, L.F. / Li, J. / Smerdon, S.J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: The molecular basis of ATM-dependent dimerization of the Mdc1 DNA damage checkpoint mediator.
著者: Jungmichel, S. / Clapperton, J.A. / Lloyd, J. / Hari, F.J. / Spycher, C. / Pavic, L. / Li, J. / Haire, L.F. / Bonalli, M. / Larsen, D.H. / Lukas, C. / Lukas, J. / MacMillan, D. / Nielsen, M.L. ...著者: Jungmichel, S. / Clapperton, J.A. / Lloyd, J. / Hari, F.J. / Spycher, C. / Pavic, L. / Li, J. / Haire, L.F. / Bonalli, M. / Larsen, D.H. / Lukas, C. / Lukas, J. / MacMillan, D. / Nielsen, M.L. / Stucki, M. / Smerdon, S.J.
履歴
登録2011年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月18日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Mediator of DNA damage checkpoint protein 1
A: Mediator of DNA damage checkpoint protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0129
ポリマ－25,3392
非ポリマー6727
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mediator of DNA damage checkpoint protein 1
ヘテロ分子

A: Mediator of DNA damage checkpoint protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0129
ポリマ－25,3392
非ポリマー6727
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_445x-1/2,-y-1/2,-z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area11490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.250, 54.711, 98.063
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mediator of DNA damage checkpoint protein 1 / Nuclear factor with BRCT domains 1


分子量: 12669.676 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal FHA domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDC1, KIAA0170, NFBD1 / プラスミド: pGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q14676
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.6
詳細: 1.32M ammonium sulfate, 0.05M sodium acetate pH 4.6, 5% v/v methyl-pentanediol, Microbatch, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: 0 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 9055 / Num. obs: 9055 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2.8 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.084
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Num. unique all: 992 / % possible all: 90.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→15.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 19.14 / SU ML: 0.227 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.297 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26095 393 4.7 %RANDOM
Rwork0.20649 ---
obs0.20915 7988 94.05 %-
all-7988 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.343 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20 Å20 Å2
2---1.06 Å20 Å2
3---0.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→15.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1688 0 35 79 1802
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0191774
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4661.9962415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6815216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.46623.02676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.64215293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0791514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0221332
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.358 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 20 -
Rwork0.282 495 -
obs--92.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9127-0.1056-0.35432.4692-0.67134.0686-0.0976-0.1455-0.0559-0.0588-0.0229-0.08790.26480.15150.12060.09650.03550.01550.01820.00780.01312.382-14.89513.693
23.4906-0.4548-0.06372.7335-0.18223.43540.021-0.05130.08960.1572-0.0191-0.02870.1768-0.0292-0.00180.02570.0042-0.01310.03230.0060.06060.0217.6079.985
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 134
2X-RAY DIFFRACTION2B27 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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