PDB-3cnu: Crystal structure of the predicted coding region AF_1534 from Arc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cnu

タイトル

Crystal structure of the predicted coding region AF_1534 from Archaeoglobus fulgidus

要素

Predicted coding region AF_1534

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / coding region AF_1534 / Archaeoglobus fulgidus / MCSG / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

SCP2 sterol-binding domain / SCP-2 sterol transfer family / SCP2 sterol-binding domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / SCP2 sterol-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / SCP2 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Zhang, R. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the predicted coding region AF_1534 from Archaeoglobus fulgidus.
著者: Zhang, R. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年3月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cnu.cif.gz	35.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cnu.ent.gz	23.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cnu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3cnu_validation.pdf.gz	426.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3cnu_full_validation.pdf.gz	427.1 KB	表示
XML形式データ	3cnu_validation.xml.gz	7.4 KB	表示
CIF形式データ	3cnu_validation.cif.gz	9.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/3cnu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/3cnu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3bn8-2 2r78-1 3un0-d 4o6x-3 2f97-d 3cby-d 3nfk-d 1zes-1 3dyr-d 2yg8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC7557

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Predicted coding region AF_1534

13.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Predicted coding region AF_1534

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.734, 57.614, 68.687
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Predicted coding region AF_1534 分子量: 13169.036 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌) 生物種: Archaeoglobus fulgidus / 株: DSM 4304 / VC-16 / JCM 9628 / NBRC 100126 / 遺伝子: GI:2649030, AF_1534 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O28738
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Predicted coding region AF_1534

分子量: 13169.036 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
生物種: Archaeoglobus fulgidus / 株: DSM 4304 / VC-16 / JCM 9628 / NBRC 100126 / 遺伝子: GI:2649030, AF_1534 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O28738

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.25 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 0.1M Citric acid, 25% PEG 3350, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月26日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→44.15 Å / Num. all: 8588 / Num. obs: 8550 / % possible obs: 99.55 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.8 % / B_iso Wilson estimate: 21 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 22.17
反射シェル	解像度: 1.9→1.949 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.481 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 655 / % possible all: 96.49

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→44.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 7.512 / SU ML: 0.1 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.144
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22195	433	4.8 %	RANDOM
R_work	0.18304	-	-	-
all	0.18501	8550	-	-
obs	0.18501	8550	99.55 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.551 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.63 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	871	0	0	89	960

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	889
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	620
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.31	1.962	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.831	3	1520
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.464	5	109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.331	25.854	41
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.827	15	168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.622	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	123
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	981
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	171
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	178
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	605
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	414
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	435
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.15	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.207	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.13	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.193	1.5	713
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.202	1.5	225
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.29	2	870
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.487	3	420
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.643	4.5	322

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.267	19	-
R_work	0.23	613	-
obs	-	632	96.49 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 7.934 Å / Origin y: 8.418 Å / Origin z: 13.14 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0077 Å²	-0.0119 Å²	-0.0105 Å²	-	-0.0479 Å²	-0.0158 Å²	-	-	-0.0386 Å²
L	1.1067 °²	0.5768 °²	0.2939 °²	-	0.6058 °²	0.1331 °²	-	-	1.0271 °²
S	0.0152 Å °	-0.037 Å °	-0.0226 Å °	0.092 Å °	-0.0256 Å °	-0.0888 Å °	-0.1222 Å °	0.0572 Å °	0.0104 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 30	1 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	31 - 60	31 - 60
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	61 - 90	61 - 90
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	91 - 110	91 - 110
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	B	117 - 196	1 - 80
6	X-RAY DIFFRACTION	1	A	B	197 - 205	81 - 89

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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