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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n4g | ||||||
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タイトル | Structure of CYP121, a Mycobacterial P450, in Complex with Iodopyrazole | ||||||
要素 | Cytochrome P450 121 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / P450 fold / iodopyrazole complex / heme binding / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mycocyclosin synthase / cyclase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with oxidation of a pair of donors resulting in the reduction of molecular oxygen to two molecules of water / carbon monoxide binding / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / monooxygenase activity / oxidoreductase activity / iron ion binding ...mycocyclosin synthase / cyclase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with oxidation of a pair of donors resulting in the reduction of molecular oxygen to two molecules of water / carbon monoxide binding / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / monooxygenase activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Leys, D. / Mowat, C.G. / McLean, K.J. / Richmond, A. / Chapman, S.K. / Walkinshaw, M.D. / Munro, A.W. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Atomic structure of Mycobacterium tuberculosis CYP121 to 1.06 A reveals novel features of cytochrome P450. 著者: Leys, D. / Mowat, C.G. / McLean, K.J. / Richmond, A. / Chapman, S.K. / Walkinshaw, M.D. / Munro, A.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1n4g.cif.gz | 102.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1n4g.ent.gz | 76 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1n4g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1n4g_validation.pdf.gz | 805.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1n4g_full_validation.pdf.gz | 811 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1n4g_validation.xml.gz | 22.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1n4g_validation.cif.gz | 35 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/1n4g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/1n4g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43305.863 Da / 分子数: 1 / 断片: P450 CYP 121 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: CYP121 OR RV2276 OR MT2336 OR MTCY339.34C / プラスミド: PET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0A514, UniProt: P9WPP7*PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-PYZ / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.87 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: ammonium sulphate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: Mowat, C.G., (2002) Acta Crystallogr., D58, 704. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月15日 |
放射 | モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 44862 / Num. obs: 44862 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / % possible all: 90.6 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 95.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1N40 解像度: 1.8→9.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 2.545 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.21 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→9.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.845 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.217 / Rfactor Rwork: 0.205 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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