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万見
- PDB-5iki: CYP106A2 WITH SUBSTRATE ABIETIC ACID -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iki
タイトルCYP106A2 WITH SUBSTRATE ABIETIC ACID
要素Cytochrome P450(MEG)
キーワードOXIDOREDUCTASE / MONO-OXYGENASE / CYTOCHROME P450 / 15-BETA-HYDROXYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


steroid 15beta-monooxygenase / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; その他の電子対酸化酵素 / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Abietic acid / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450(MEG)
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Janocha, S. / Carius, Y. / Bernhardt, R. / Lancaster, C.R.D.
引用
ジャーナル: Chembiochem / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of CYP106A2 in Substrate-Free and Substrate-Bound Form.
著者: Janocha, S. / Carius, Y. / Hutter, M. / Lancaster, C.R. / Bernhardt, R.
#1: ジャーナル: Chembiochem / 年: 2011
タイトル: Identification of CYP106A2 as a regioselective allylic bacterial diterpene hydroxylase.
著者: Bleif, S. / Hannemann, F. / Lisurek, M. / Von Kries, J.P. / Zapp, J. / Dietzen, M. / Antes, I. / Bernhardt, R.
履歴
登録2016年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record
Item: _audit_author.name
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450(MEG)
B: Cytochrome P450(MEG)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5665
ポリマ－94,0312
非ポリマー1,5353
水97354
1
A: Cytochrome P450(MEG)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6322
ポリマ－47,0151
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450(MEG)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9343
ポリマ－47,0151
非ポリマー9192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.910, 57.390, 84.240
Angle α, β, γ (deg.)72.37, 75.19, 75.70
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細 (eV)
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 409 / Label seq-ID: 4 - 409

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450(MEG) / Steroid 15-beta-hydroxylase / Steroid 15-beta-monooxygenase


分子量: 47015.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
遺伝子: cyp106A2 / プラスミド: PKKHC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: UniProt: Q06069, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; その他の電子対酸化酵素, steroid 15beta-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-A9H / Abietic acid


分子量: 302.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H30O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.99 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: PEG 4000 AMMONIUM ACETATE SODIUM ACETATE TRIHYDRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→78.98 Å / Num. obs: 32407 / % possible obs: 94.93 % / 冗長度: 3.82 % / Biso Wilson estimate: 46.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 6.39
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 4.11 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 2.94 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
iMOSFLM7.1.1データ削減
SCALACCP4_3.3.21データスケーリング
MOLREP12.02.08位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F4T

1f4t


解像度: 2.4→78.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 14.552 / SU ML: 0.309 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.67 / ESU R Free: 0.304 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26091 1556 5.1 %RANDOM
Rwork0.2012 ---
obs0.2044 29207 94.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 63.362 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.05 Å2-1.71 Å24.86 Å2
2---4.53 Å2-0.51 Å2
3----2.4 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→78.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6248 0 108 54 6410
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0196503
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.026224
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5181.9938847
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0683.00114351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4445777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.57824.527296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.509151136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8771538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2991
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217223
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021429
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2986.1473123
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.296.1463122
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.519.213895
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.5119.2113896
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3156.4673380
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.3156.4683381
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.8929.5194953
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.62248.7757687
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.62148.7797688
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 21173 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.18 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 105 -
Rwork0.357 2160 -
obs--95.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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