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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n3i
タイトルCrystal Structure of Mycobacterium tuberculosis PNP with transition state analog DADMe-ImmH
要素Purine Nucleoside Phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / transition state complex / trimer / PNP
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyguanosine catabolic process / beta-alanine metabolic process / pantoate-beta-alanine ligase (AMP-forming) / pantoate-beta-alanine ligase activity / pantothenate biosynthetic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / manganese ion binding / magnesium ion binding / ATP binding ...deoxyguanosine catabolic process / beta-alanine metabolic process / pantoate-beta-alanine ligase (AMP-forming) / pantoate-beta-alanine ligase activity / pantothenate biosynthetic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / manganese ion binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Putative purine nucleotide phosphorylase / Pantoate-beta-alanine ligase / Pantoate-beta-alanine ligase, C-terminal domain / Pantoate-beta-alanine ligase / Purine phosphorylase, family 2, conserved site / Purine and other phosphorylases family 2 signature. / Purine nucleoside phosphorylase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily ...Putative purine nucleotide phosphorylase / Pantoate-beta-alanine ligase / Pantoate-beta-alanine ligase, C-terminal domain / Pantoate-beta-alanine ligase / Purine phosphorylase, family 2, conserved site / Purine and other phosphorylases family 2 signature. / Purine nucleoside phosphorylase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DIH / PHOSPHATE ION / Purine nucleoside phosphorylase / Pantothenate synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Lewandowicz, A. / Shi, W. / Evans, G.B. / Tyler, P.C. / Furneaux, R.H. / Basso, L.A. / Santos, D.S. / Almo, S.C. / Schramm, V.L.
引用ジャーナル: BIOCHEMISTRY / 年: 2003
タイトル: Over-The-Barrier Transition State Analogues Provide New Chemistries for Inhibitor Design: The Case of Purine Nucleoside Phosphorylase
著者: Lewandowicz, A. / Shi, W. / Evans, G.B. / Tyler, P.C. / Furneaux, R.H. / Basso, L.A. / Santos, D.S. / Almo, S.C. / Schramm, V.L.
履歴
登録2002年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02018年12月19日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_validate_chiral
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 2.12023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Purine Nucleoside Phosphorylase
B: Purine Nucleoside Phosphorylase
C: Purine Nucleoside Phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,8799
ポリマ－82,7983
非ポリマー1,0816
水7,782432
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7970 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area25280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.842, 102.842, 128.763
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細The biological assembly is the trimer in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Purine Nucleoside Phosphorylase / PNP


分子量: 27599.457 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
プラスミド: PET-23A(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0A538, UniProt: P9WIL5*PLUS, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-DIH / 7-[[(3R,4R)-3-(hydroxymethyl)-4-oxidanyl-pyrrolidin-1-ium-1-yl]methyl]-3,5-dihydropyrrolo[3,2-d]pyrimidin-4-one


分子量: 265.288 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H17N4O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.15 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG4000, Magnesium Chloride, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
1730000 nMPNP1drop
21.1 mMDADMe-ImmH1drop
33 mMsodium phosphate1droppH8.0
4100 mMTris-HCl1reservoirpH8.0
525 %PEG40001reservoir
625 mM1reservoirMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年6月10日
放射モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 62570 / Num. obs: 59925 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 12.9 Å2 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 45.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 10.3 / Rsym value: 0.105 / % possible all: 76.9
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 321763 / Rmerge(I) obs: 0.036
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 76.9 % / Rmerge(I) obs: 0.105

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1G2O

1g2o


解像度: 1.9→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: Restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 6018 10 %random
Rwork0.183 ---
obs0.186 59299 94.8 %-
all-59925 --
原子変位パラメータBiso mean: 18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.19 Å2-0.28 Å20 Å2
2---1.19 Å20 Å2
3---2.37 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.06 Å-0.05 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5676 0 72 432 6180
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 821 10 %
Rwork0.181 7419 -
obs-7419 80.1 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004724
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.32049
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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