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万見
- PDB-1mqz: NMR solution structure of type-B lantibiotics mersacidin bound to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mqz
タイトルNMR solution structure of type-B lantibiotics mersacidin bound to lipid II in DPC micelles
要素LANTIBIOTIC MERSACIDIN
キーワードANTIBIOTIC / ANTIMICROBIAL / LANTIBIOTICS / BACTERIOCIN / PEPTIDOGLYCAN / METHICILLIN RESISTANCE / THIOESTER
機能・相同性Type 2 lantibiotic, leader peptide domain / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / signaling receptor binding / Mersacidin / Lantibiotic mersacidin
機能・相同性情報
生物種BACILLUS SP. HIL-Y85/54728 (バクテリア)
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING TORSION, ANGLE DYNAMICS
データ登録者Hsu, S.-T. / Breukink, E. / Bierbaum, G. / Sahl, H.-G. / de Kruijff, B. / Kaptein, R. / van Nuland, N.A. / Bonvin, A.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: NMR Study of Mersacidin and Lipid II Interaction in Dodecylphosphocholine Micelles. Conformational Changes are a Key to Antimicrobial Activity
著者: Hsu, S.-T. / Breukink, E. / Bierbaum, G. / Sahl, H.-G. / De Kruijff, B. / Kaptein, R. / Van Nuland, N.A. / Bonvin, A.M.
履歴
登録2002年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12009年2月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Other
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 1.52018年8月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_nmr_ensemble ...pdbx_database_related / pdbx_nmr_ensemble / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_nmr_ensemble.conformer_selection_criteria / _pdbx_nmr_ensemble.conformers_calculated_total_number ..._pdbx_nmr_ensemble.conformer_selection_criteria / _pdbx_nmr_ensemble.conformers_calculated_total_number / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_sample_details.label / _pdbx_nmr_sample_details.solvent_system / _pdbx_nmr_sample_details.type / _pdbx_nmr_software.classification / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_software.version / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02024年7月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_nmr_software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LANTIBIOTIC MERSACIDIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,8341
ポリマ－1,8341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area210 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area1560 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)17 / 50structures with the lowest energy
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド LANTIBIOTIC MERSACIDIN / TYPE-B LANTIBIOTICS MERSACIDIN


タイプ: Oligopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1834.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: MERSACIDIN IS A TETRACYCLIC PEPTIDE. POST TRANSLATIONAL MATURATION OF LANTIBIOTICS INVOLVES THE ENZYMIC CONVERSION OF THR, AND SER INTO DEHYDRATED AA AND THE FORMATION OF THIOETHER BONDS WITH ...詳細: MERSACIDIN IS A TETRACYCLIC PEPTIDE. POST TRANSLATIONAL MATURATION OF LANTIBIOTICS INVOLVES THE ENZYMIC CONVERSION OF THR, AND SER INTO DEHYDRATED AA AND THE FORMATION OF THIOETHER BONDS WITH CYSTEINE. THE CARBOXY-TERMINAL BETA-METHYLLANTHIONINE UNDERGOES DECARBOXYLATION. THIOETHER BONDS WITH CYSTEINE RESULT IN FOUR RINGS. THIS IS FOLLOWED BY MEMBRANE TRANSLOCATION AND CLEAVAGE OF THE MODIFIED PRECURSOR.
由来: (天然) BACILLUS SP. HIL-Y85/54728 (バクテリア)
株: HIL Y-85, 54728 / 参照: UniProt: P43683, Mersacidin
構成要素の詳細MERSACIDIN IS A GLOBULAR TYPE B LANTIBIOTIC. THE LANTIBIOTICS ARE CHARACTERIZED BY THIOETHER AMINO ...MERSACIDIN IS A GLOBULAR TYPE B LANTIBIOTIC. THE LANTIBIOTICS ARE CHARACTERIZED BY THIOETHER AMINO ACIDS LANTHIONINE AND/OR METHYLLANTHIONINE. HERE, MERSACIDIN IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
131DQF-COSY

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試料調製

詳細タイプ: micelle
内容: 2 mM mersacidin in 10 mM sodium phosphate buffer at pH 6.0, 2mM unlabeled lipid II, 100mM perdeuterated DPC, 37% methanol/63% H2O
Label: sample_1 / 溶媒系: 37% methanol/63% H2O
試料状態pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS5001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker DRXBrukerDRX7503

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解析

NMR software
名称バージョン分類
ARIA1.1精密化
XwinNMRcollection
NMRPipe解析
CNS1.1structure calculation
ARIA1.1structure calculation
精密化手法: SIMULATED ANNEALING TORSION, ANGLE DYNAMICS / ソフトェア番号: 1 / 詳細: OPLS WATER REFINEMENT
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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