PDB-2kto: Spatial structure of Lch-beta peptide from two-component lantibio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2kto

タイトル

Spatial structure of Lch-beta peptide from two-component lantibiotic Lichenicidin VK21

要素

LCHB

キーワード

ANTIBIOTIC (抗生物質) / LICHENICIDIN VK21 /

LANTIBIOTICS / LCHB /

LANTHIONINE (ランチオニン) /

THIOESTER (チオエステル) / TWO-COMPONENT LANTIBIOTIC SYSTEM

機能・相同性

Type 2 lantibiotic, SP_1948 family / Two-component Enterococcus faecalis cytolysin (EFC) /

cytolysis / defense response to Gram-positive bacterium /

signaling receptor binding /

extracellular space / BETA LICHENICIDIN PREPEPTIDE / Lantibiotic lichenicidin VK21 A2

機能・相同性情報

生物種

BACILLUS LICHENIFORMIS (バクテリア)

手法

溶液NMR /

simulated annealing

データ登録者

Mineev, K.S. / Shenkarev, Z.O. / Ovchinnikova, T.V. / Arseniev, A.S.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Isolation, Structure Elucidation, and Synergistic Antibacterial Activity of a Novel Two-Component Lantibiotic Lichenicidin from Bacillus Licheniformis Vk21.
著者: Shenkarev, Z.O. / Finkina, E.I. / Nurmukhamedova, E.K. / Balandin, S.V. / Mineev, K.S. / Nadezhdin, K.D. / Yakimenko, Z.A. / Tagaev, A.A. / Temirov, Y.V. / Arseniev, A.S. / Ovchinnikova, T.V.

履歴

登録	2010年2月5日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年6月14日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.3	2011年7月20日	Group: Structure summary
改定 1.4	2011年8月10日	Group: Structure summary
改定 1.5	2012年12月12日	Group: Other
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2kto.cif.gz	192.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2kto.ent.gz	161.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2kto.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/2kto ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/2kto	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1aj1 1mqx 1mqy 1mqz 1qow 1w9n 1wco 2dde 8c5j
類似構造データ	2me2-d 2l0o-d 1ckz-d 2lx0-d 2l63-d 6gig-d 4rim-d 2yon-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 16707ASSIGNMENT OF ALPHA-PEPTIDE BMRB: 16709ASSIGNMENT

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LCHB

3.03 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	target function
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質・ペプチド	LCHB / Lantibiotic lichenicidin VK21 A2 / LchA2 タイプ: Polypeptideペプチド / クラス: 抗生剤抗生物質 / 分子量: 3031.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然詳細: LICHENICIDIN VK21 IS A TETRACYCLIC PEPTIDE. POST TRANSLATIONAL MATURATION OF LANTIBIOTICS INVOLVES THE ENZYMIC CONVERSION OF THR, AND SER INTO DEHYDRATED AMINO ACIDS AND THE FORMATION OF ...詳細: LICHENICIDIN VK21 IS A TETRACYCLIC PEPTIDE. POST TRANSLATIONAL MATURATION OF LANTIBIOTICS INVOLVES THE ENZYMIC CONVERSION OF THR, AND SER INTO DEHYDRATED AMINO ACIDS AND THE FORMATION OF THIOETHER BONDS WITH CYSTEINE. THIOETHER BONDS WITH CYSTEINE RESULT IN FOUR RINGS. THIS IS FOLLOWED BY MEMBRANE TRANSLOCATION AND CLEAVAGE OF THE MODIFIED PRECURSOR. 由来: (天然) BACILLUS LICHENIFORMIS (バクテリア) / 株: VK21 / 参照: UniProt: P86476, BETA LICHENICIDIN PREPEPTIDE
構成要素の詳細	LICHENICIDIN VK21 A2 IS A LANTIBIOTIC. THE LANTIBIOTICS ARE ARE CHARACTERIZED BY THIOESTER AMINO ...LICHENICIDIN VK21 A2 IS A LANTIBIOTIC. THE LANTIBIOTICS ARE ARE CHARACTERIZED BY THIOESTER AMINO ACIDS LANTHIONINE AND/OR METHYLLANTHIONINE. HERE, LICHENICIDIN VK21 IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)

#1: タンパク質・ペプチド

LCHB / Lantibiotic lichenicidin VK21 A2 / LchA2

タイプ: Polypeptide

ペプチド / クラス: 抗生剤

抗生物質 / 分子量: 3031.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: LICHENICIDIN VK21 IS A TETRACYCLIC PEPTIDE. POST TRANSLATIONAL MATURATION OF LANTIBIOTICS INVOLVES THE ENZYMIC CONVERSION OF THR, AND SER INTO DEHYDRATED AMINO ACIDS AND THE FORMATION OF ...
由来: (天然)

BACILLUS LICHENIFORMIS (バクテリア) / 株: VK21 / 参照: UniProt: P86476, BETA LICHENICIDIN PREPEPTIDE

構成要素の詳細

LICHENICIDIN VK21 A2 IS A LANTIBIOTIC. THE LANTIBIOTICS ARE ARE CHARACTERIZED BY THIOESTER AMINO ...

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実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H COSY
2	2	1	2D 1H-1H NOESY
3	3	1	2D 1H-1H TOCSY
4	4	1	2D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細

内容: 0.5 MM LCHB-1, 500 MG [U-100% 2H] METHANOL-2, METHANOL

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.5 mM	LchB-1		1
500 mg/mL	methanol-2	[U-100% 2H]	1

試料状態

イオン強度: 0 / pH: 3.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 300 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software

名称	開発者	分類
CYANA 2.1	GUNTERT, MUMENTHALER	精密化
CARA 1.5.3		構造決定
TOPSPIN 2.1		構造決定
CYANA 2.1		構造決定

精密化

手法:

simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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