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万見
- PDB-2yon: Solution NMR structure of the C-terminal extension of two bacteri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yon
タイトルSolution NMR structure of the C-terminal extension of two bacterial light, oxygen, voltage (LOV) photoreceptor proteins from Pseudomonas putida
要素SENSORY BOX PROTEIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / VOLTAGE (LOV) DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sensory box protein
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS PUTIDA KT2440 (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Rani, R. / Hartmann, R. / Lecher, J. / Krauss, U. / Jaeger, K. / Willbold, D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Conservation of Dark Recovery Kinetic Parameters and Structural Features in the Pseudomonadaceae "Short" Light, Oxygen, Voltage (Lov) Protein Family: Implications for the Design of Lov- ...タイトル: Conservation of Dark Recovery Kinetic Parameters and Structural Features in the Pseudomonadaceae "Short" Light, Oxygen, Voltage (Lov) Protein Family: Implications for the Design of Lov-Based Optogenetic Tools.
著者: Rani, R. / Jentzsch, K. / Lecher, J. / Hartmann, R. / Willbold, D. / Jaeger, K. / Krauss, U.
履歴
登録2012年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22014年2月5日Group: Atomic model / Other
改定 1.32016年5月4日Group: Atomic model / Derived calculations / Other
改定 1.42019年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SENSORY BOX PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4121
ポリマ－3,4121
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 250LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド SENSORY BOX PROTEIN / ACESB2PEP


分子量: 3411.780 Da / 分子数: 1 / 断片: JALPHA HELIX, RESIDUES 123-151 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: N-TERMINAL ACETYLATION
由来: (合成) PSEUDOMONAS PUTIDA KT2440 (バクテリア)
参照: UniProt: Q88JB0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED FROM PARTIAL MANUALLY ASSIGNED 1H-1H NOESY DATA OF SYNTHETIC PEPTIDE, ASSISTED BY AUTOMATED ASSIGNMENTS BY ARIA AND CALCULATED WITH CNS.

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試料調製

詳細内容: 25% TRIFLUOROETHANOL/10% D2O/65% WATER
試料状態イオン強度: 0.15 M / pH: 6.3 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian VNMRS / 製造業者: Varian / モデル: VNMRS / 磁場強度: 900 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.21BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
VnmrJ2.3A構造決定
NMRPipe2012.114.11.33構造決定
ARIA2.3.1構造決定
CcpNmr Analysis2.2構造決定
CcpNmr Analysis2.1構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 250 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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