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万見
- PDB-1wco: The solution structure of the nisin-lipid II complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wco
タイトルThe solution structure of the nisin-lipid II complex
要素
  • ALA-FGA-LYS-DAL-DAL PEPTIDE
  • Lantibiotic
キーワードPEPTIDE/ANTIBIOTIC / PEPTIDE-ANTIBIOTIC COMPLEX / LANTIBIOTIC / ANTIMICROBIAL / BACTERIOCIN / THIOESTER / PORE FORMATION / PYROPHOSPHATE CAGE / FOOD PRESERVATIVE
機能・相同性
機能・相同性情報


killing of cells of another organism / defense response to bacterium / signaling receptor binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Lantibiotic, Type A, Bacillales-type / Gallidermin
類似検索 - ドメイン・相同性
Nisin A / Chem-FDF / Lantibiotic nisin-Z / Lantibiotic
類似検索 - 構成要素
生物種MONARTHROPALPUS FLAVUS (昆虫)
Lactococcus lactis (乳酸菌)
手法溶液NMR / HADDOCK
データ登録者Hsu, S.-T.D. / Breukink, E. / Tischenko, E. / Lutters, M.A.G. / de Kruijff, B. / Kaptein, R. / Bonvin, A.M.J.J. / van Nuland, N.A.J.
引用
ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2004
タイトル: The nisin-lipid II complex reveals a pyrophosphate cage that provides a blueprint for novel antibiotics.
著者: Hsu, S.T. / Breukink, E. / Tischenko, E. / Lutters, M.A. / de Kruijff, B. / Kaptein, R. / Bonvin, A.M. / van Nuland, N.A.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Mapping the Targeted Membrane Pore Formation Mechanism by Solution NMR: The Nisin Z and Lipid II Interaction in Sds Micelles
著者: Hsu, S.-T.D. / Breukink, E. / de Kruijff, B. / Kaptein, R. / Bonvin, A.M.J.J. / van Nuland, N.A.J.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1999
タイトル: Use of the Cell Wall Precursor Lipid II by a Pore- Forming Peptide Antibiotic
著者: Breukink, E. / Wiedemann, I. / van Kraaij, C. / Kuipers, O.P. / Sahl, H.G. / de Kruijff, B.
#3: ジャーナル: Proteins: Struct.,Funct., Genet. / 年: 2003
タイトル: Refinement of Protein Structures in Explicit Solvent
著者: Linge, J. / Williams, M.A. / Spronk, C.A.E.M. / Bonvin, A.M.J.J. / Nilges, M.
#4: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2003
タイトル: Haddock: A Protein-Protein Docking Approach Based on Biochemical or Biophysical Information
著者: Dominguez, C. / Boelens, R. / Bonvin, A.M.J.J.
履歴
登録2004年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2005年3月7日ID: 1UZT
改定 1.02005年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年11月30日Group: Other
改定 2.02018年1月17日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / database_PDB_caveat / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_validate_polymer_linkage
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 3.02020年7月8日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_nat / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific / _entity_src_nat.strain / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_mod_residue.details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_comp_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 4.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 5.02024年5月1日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: ALA-FGA-LYS-DAL-DAL PEPTIDE
N: Lantibiotic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,7494
ポリマ－3,8352
非ポリマー9152
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1610 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area3620 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200RMSD CLUSTERING AND LOWEST TOTAL ENERGY
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ALA-FGA-LYS-DAL-DAL PEPTIDE


分子量: 489.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MONARTHROPALPUS FLAVUS (昆虫)
#2: タンパク質・ペプチド Lantibiotic


タイプ: Polypeptide / クラス: Lantibiotic / 分子量: 3345.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Nisin Z is a heptacyclic peptide. Post Translational maturation of lantibiotics involves the enzymic conversion of Thr, and Ser into dehydrated AA and the formation of thioether bonds with ...詳細: Nisin Z is a heptacyclic peptide. Post Translational maturation of lantibiotics involves the enzymic conversion of Thr, and Ser into dehydrated AA and the formation of thioether bonds with cysteine. Thioether bonds with cysteine result in five cyclic structures along the peptide chain. This is followed by membrane translocation and cleavage of the modified precursor.
由来: (天然) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 参照: UniProt: Q7BB86, Nisin A, UniProt: P29559*PLUS
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-alpha-muramic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 496.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4MurNAc1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O_3*OC^RCO/4=O/3C][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNAc]{[(3+1)][<C3O1>]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-FDF / (2E,6E)-12-fluoro-11-(fluoromethyl)-3,7-dimethyldodeca-2,6,10-trien-1-yl trihydrogen diphosphate / (3,7-ジメチル-11-(フルオロメチル)-12-フルオロ-2,6,10-ドデカトリエニル)ジホスファ-ト


分子量: 418.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H26F2O7P2
構成要素の詳細NISIN Z IS A LANTIBIOTIC. THE LANTIBIOTICS ARE CHARACTERIZED BY LANTHIONINE AND/OR ...NISIN Z IS A LANTIBIOTIC. THE LANTIBIOTICS ARE CHARACTERIZED BY LANTHIONINE AND/OR METHYLLANTHIONINE NONPROTEINOGENIC AMINO ACIDS. HERE, NISIN Z IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES) GROUP: 1 NAME: NISIN Z CHAIN: N COMPONENT_1: PEPTIDE LIKE SEQUENCE RESIDUES 1 TO 34 DESCRIPTION: NISIN Z IS A PENTACYCLIC PEPTIDE. THIOETHER BONDS WITH CYSTEINE RESULT IN FIVE CYCLIC STRUCTURES ALONG THE PEPTIDE CHAIN. CROSSLINK 3-7 METHYLLANTHIONINE (DAL-CYS) CROSSLINK 8-11 BETA-METHYLLANTHIONINE (DBB-CYS) CROSSLINK 13-19 BETA-METHYLLANTHIONINE (DBB-CYS) CROSSLINK 23-26 BETA-METHYLLANTHIONINE (DBB-CYS) CROSSLINK 25-28 BETA-METHYLLANTHIONINE (DBB-CYS)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1111H-15N CT HSQC
12131P 1D
1311H-13C HSQC
1411H-13C HMBC
15131P 1D
1611H-15N-NOESY HSQC
1711H-1H NOESY
1811H-15N TOCSY- HSQC
1911H-1H TOCSY
11011H-1H COSY
11111H-15N-NOESY HSQC
11211H-1H NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING MULTIDIMENSIONAL NMR SPECTROSCOPY ON 15N-LABELLED NISIN IN COMPLEX WITH UNLABELLED 3-LIPID II. INTERMOLECULAR HYDROGEN BONDS WERE IDENTIFIED AND USED IN ...Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING MULTIDIMENSIONAL NMR SPECTROSCOPY ON 15N-LABELLED NISIN IN COMPLEX WITH UNLABELLED 3-LIPID II. INTERMOLECULAR HYDROGEN BONDS WERE IDENTIFIED AND USED IN STRUCTURAL CALCULATION BY 31P- EDITED 1H-15N CT HSQC.

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試料調製

詳細内容: 100% D6-DMSO
試料状態圧: 1.0 atm / 温度: 300.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7503
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
NMRViewVIEW構造決定
CNS構造決定
精密化手法: HADDOCK / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE. THE ENSEMBLE OF STRUCTURES IS SUPERIMPOSED ON THE CA OF NISIN RESIDUES 1-12 (CHAIN N), THE HEAVY ATOMS OF MURNAC, PYROPHOSPHATE AND ...詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE. THE ENSEMBLE OF STRUCTURES IS SUPERIMPOSED ON THE CA OF NISIN RESIDUES 1-12 (CHAIN N), THE HEAVY ATOMS OF MURNAC, PYROPHOSPHATE AND THE FIRST ISOPRENE OF 3-LIPID II (CHAIN L) AS THESE ARE THE ONLY SEGMENTS THAT HAVE SUFFICIENT DISTANCE RESTRAINTS TO DEFINE THE COMPLEX STRUCTURE. OTHER RESIDUES NAMELY RESIDUES 13-34 (ESPECIALLY RESIDUES 20-34) OF NISIN, THE PENTAPEPTIDE AND TERMINAL ISOPRENE UNITS OF 3-LIPID II ARE FLEXIBLE AS SUPPORTED BY DYNAMICS DATA. THE ATOM OCCUPANCY OF THE C- TERMINAL TAIL OF NISIN (RESIDUES 20-34) HAS BEEN MODIFIED TO BE 0.3 TO REFLECT THEIR DISORDER/FLEXIBILITY.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: RMSD CLUSTERING AND LOWEST TOTAL ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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