[日本語] English
万見
- PDB-1mju: 1.22 ANGSTROM RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF THE FAB FRAGMENT OF... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mju
タイトル1.22 ANGSTROM RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF THE FAB FRAGMENT OF ESTEROLYTIC ANTIBODY MS6-12
要素(IMMUNOGLOBULIN MS6-12) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / CATALYTIC ANTIBODY / ESTER HYDROLYSIS / ESTEROLYTIC / FAB / IMMUNOGLOBULIN
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.22 Å
データ登録者Ruzheinikov, S.N. / Muranova, T.A. / Sedelnikova, S.E. / Partridge, L.J. / Blackburn, G.M. / Murray, I.A. / Kakinuma, H. / Takashi, N. / Shimazaki, K. / Sun, J. ...Ruzheinikov, S.N. / Muranova, T.A. / Sedelnikova, S.E. / Partridge, L.J. / Blackburn, G.M. / Murray, I.A. / Kakinuma, H. / Takashi, N. / Shimazaki, K. / Sun, J. / Nishi, Y. / Rice, D.W.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: High-resolution crystal structure of the Fab-fragments of a family of mouse catalytic antibodies with esterase activity
著者: Ruzheinikov, S.N. / Muranova, T.A. / Sedelnikova, S.E. / Partridge, L.J. / Blackburn, G.M. / Murray, I.A. / Kakinuma, H. / Takashi, N. / Shimazaki, K. / Sun, J. / Nishi, Y. / Rice, D.W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: The preparation and crystallization of Fab fragments of a family of mouse esterolytic catalytic antibodies and their complexes with a transition-state analogue
著者: Muranova, T.A. / Ruzheinikov, S.N. / Sedelnikova, S.E. / Moir, A. / Partridge, L.J. / Kakinuma, H. / Takashi, N. / Shimazaki, K. / Sun, J. / Nishi, Y. / Rice, D.W.
履歴
登録2002年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_remark / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_database_remark / pdbx_validate_close_contact / software / struct_conn
Item: _pdbx_database_remark.text / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 ..._pdbx_database_remark.text / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02019年12月25日Group: Derived calculations / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id
改定 2.12024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999sequence an appropriate sequence database reference was not available at the time of processing.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: IMMUNOGLOBULIN MS6-12
H: IMMUNOGLOBULIN MS6-12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1188
ポリマ－48,5652
非ポリマー5536
水16,844935
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.046, 65.349, 138.563
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: 抗体 IMMUNOGLOBULIN MS6-12


分子量: 24191.900 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab fragment, LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: fusing of mouse splenocytes with myeloma cell / 細胞株: hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 IMMUNOGLOBULIN MS6-12


分子量: 24373.428 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab fragment, HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: fusing of mouse splenocytes with myeloma cell / 細胞株: hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 935 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.89 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: Sodium acetate, NaCl, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
130 %(w/v)PEG40001reservoir
20.2 M1reservoirMgCl2
30.1 MTris-HCl1reservoirpH8.5
420 %PEG33501reservoir
50.2 Mpotassium thiocyanate1reservoirpH7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.22→10 Å / Num. all: 141368 / Num. obs: 141368 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 32
反射 シェル解像度: 1.22→1.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.219 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 63.3
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 63.3 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
DENZOデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MH5

1mh5


解像度: 1.22→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 1.213 / SU ML: 0.028 / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15391 7075 5 %RANDOM
Rwork0.12284 ---
obs0.12437 141368 93.4 %-
all-141368 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å20 Å20 Å2
2--0.56 Å20 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.22→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3314 0 36 935 4285
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0213479
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023026
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7491.9544716
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.00137133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg17.2453419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg17.23115612
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.140.2528
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023734
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02675
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3810.3550
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2010.32520
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.2090.59
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3090.5586
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.2860.56
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3670.316
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2880.342
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3510.559
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.81242144
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.37463500
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.66381335
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.982101216
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.36523479
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free24.09510935
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.152103401
LS精密化 シェル解像度: 1.22→1.251 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.212 352
Rwork0.17 6913
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.154 / Rfactor Rwork: 0.123
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る