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万見
- PDB-1mhn: High resolution crystal structure of the SMN Tudor domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mhn
タイトルHigh resolution crystal structure of the SMN Tudor domain
要素Survival motor neuron protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / SMN / SMA / spinal muscular atrophy
機能・相同性
機能・相同性情報


Gemini of coiled bodies / SMN complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal complex assembly / spliceosomal snRNP assembly / Cajal body / DNA-templated transcription termination / Z disc / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / nervous system development ...Gemini of coiled bodies / SMN complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal complex assembly / spliceosomal snRNP assembly / Cajal body / DNA-templated transcription termination / Z disc / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / nervous system development / snRNP Assembly / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / perikaryon / nuclear body / neuron projection / axon / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Survival Motor Neuron, YG-box / Survival Motor Neuron, Gemin2-binding domain / SMN complex subunit Smn1 / : / Survival motor neuron, Tudor domain / Survival motor neuron protein (SMN), Tudor domain / Tudor domain profile. / Tudor domain ...: / : / Survival Motor Neuron, YG-box / Survival Motor Neuron, Gemin2-binding domain / SMN complex subunit Smn1 / : / Survival motor neuron, Tudor domain / Survival motor neuron protein (SMN), Tudor domain / Tudor domain profile. / Tudor domain / Tudor domain / SH3 type barrels. - #140 / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Survival motor neuron protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Sprangers, R. / Groves, M.R. / Sinning, I. / Sattler, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: High Resolution X-ray and NMR Structures of the SMN Tudor Domain: conformational variation in the binding site for symmetrically dimethylated arginine residues
著者: Sprangers, R. / Groves, M.R. / Sinning, I. / Sattler, M.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Definition of domain boundaries and crystallization of the SMN Tudor domain
著者: Sprangers, R. / Selenko, P. / Sattler, M. / Sinning, I. / Groves, M.R.
履歴
登録2002年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Survival motor neuron protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6491
ポリマ－6,6491
非ポリマー00
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)27.652, 27.652, 110.299
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Survival motor neuron protein / SMN / Component of gems 1 / Gemin1


分子量: 6649.454 Da / 分子数: 1 / 断片: Tudor domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: smn1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q16637
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.79 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: Amonium Sulphate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
結晶化
*PLUS
詳細: Sprangers, R., (2003) Acta Crystallogr., D59, 366.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→23.95 Å / Num. all: 4489 / Num. obs: 4499 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 11.4 %
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
REFMAC精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→23.947 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1871 465 -RANDOM
Rwork0.1445 ---
all0.1466 4440 --
obs0.1466 4440 100 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→23.947 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数465 0 0 65 530
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.9 Å
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.0143
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.341
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg3.42

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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