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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mdu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the chicken actin trimer complexed with human gelsolin segment 1 (GS-1) | ||||||
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN / gelsolin precursor / a-actin / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1 / 3-DIOL | ||||||
機能・相同性 | ![]() striated muscle atrophy / regulation of establishment of T cell polarity / regulation of plasma membrane raft polarization / regulation of receptor clustering / renal protein absorption / positive regulation of keratinocyte apoptotic process / positive regulation of protein processing in phagocytic vesicle / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of actin nucleation / phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit binding ...striated muscle atrophy / regulation of establishment of T cell polarity / regulation of plasma membrane raft polarization / regulation of receptor clustering / renal protein absorption / positive regulation of keratinocyte apoptotic process / positive regulation of protein processing in phagocytic vesicle / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of actin nucleation / phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit binding / actin cap / regulation of podosome assembly / sequestering of actin monomers / myosin II binding / Striated Muscle Contraction / negative regulation of viral entry into host cell / actin filament severing / actin filament capping / actin filament depolymerization / actin polymerization or depolymerization / barbed-end actin filament capping / cell projection assembly / cardiac muscle cell contraction / podosome / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / relaxation of cardiac muscle / cortical actin cytoskeleton / phagocytosis, engulfment / hepatocyte apoptotic process / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / sarcoplasm / cilium assembly / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / skeletal muscle fiber development / stress fiber / phagocytic vesicle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / response to muscle stretch / actin filament polymerization / central nervous system development / actin filament organization / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein destabilization / cellular response to type II interferon / actin filament binding / actin cytoskeleton / lamellipodium / actin binding / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / amyloid fibril formation / blood microparticle / hydrolase activity / Amyloid fiber formation / focal adhesion / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dawson, J.F. / Sablin, E.P. / Spudich, J.A. / Fletterick, R.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of an F-actin trimer disrupted by gelsolin and implications for the mechanism of severing 著者: Dawson, J.F. / Sablin, E.P. / Spudich, J.A. / Fletterick, R.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 209.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 172.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit contains two actin:GS-1 protomers from two different actin:GS-1 trimers. The biological assembly (actin:GS-1 trimer) is generated by applying the following symmetry operators to chains A, B, C (and G for solvent molecules): 1) x, y, z; 2) -x+1, y-1/2, -z; 3) -x+1, y+1/2, -z |
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要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE
#1: タンパク質 | 分子量: 14071.831 Da / 分子数: 2 / 断片: actin-severing / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 42109.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 481分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-TRS / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.9 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 3350, tris, calcium chloride, magnesium chloride, ADP, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月3日 |
放射 | モノクロメーター: double-crystal Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→25 Å / Num. all: 49210 / Num. obs: 45313 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 17 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.164 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 6687 / Rsym value: 0.164 / % possible all: 81.8 |
反射 | *PLUS 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 81.4 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1ESV 解像度: 2.2→25 Å / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Missing residues and atoms are due to disorder and absent electron density in electron density maps.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: bulk solvent / Bsol: 56.5848 Å2 / ksol: 0.361737 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.017
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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