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- PDB-1ls3: Crystal Structure of the Complex between Rabbit Cytosolic Serine ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ls3
タイトルCrystal Structure of the Complex between Rabbit Cytosolic Serine Hydroxymethyltransferase and TriGlu-5-formyl-tetrahydrofolate
要素Serine Hydroxymethyltransferase
キーワードTRANSFERASE / asymmetric tetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to tetrahydrofolate / purine nucleobase biosynthetic process / L-serine metabolic process / glycine metabolic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / serine binding / L-serine catabolic process / tetrahydrofolate metabolic process ...cellular response to tetrahydrofolate / purine nucleobase biosynthetic process / L-serine metabolic process / glycine metabolic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / serine binding / L-serine catabolic process / tetrahydrofolate metabolic process / tetrahydrofolate interconversion / cobalt ion binding / folic acid metabolic process / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / cellular response to leukemia inhibitory factor / mRNA 5'-UTR binding / pyridoxal phosphate binding / protein homotetramerization / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine hydroxymethyltransferase, pyridoxal phosphate binding site / Serine hydroxymethyltransferase pyridoxal-phosphate attachment site. / Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Serine hydroxymethyltransferase, pyridoxal phosphate binding site / Serine hydroxymethyltransferase pyridoxal-phosphate attachment site. / Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Chem-TGF / Serine hydroxymethyltransferase, cytosolic
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Fu, T.F. / Scarsdale, J.N. / Kazanina, G. / Schirch, V. / Wright, H.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Location of the Pteroylpolyglutamate Binding Site on Rabbit Cytosolic Serine Hydroxymethyltransferase
著者: Fu, T.F. / Scarsdale, J.N. / Kazanina, G. / Schirch, V. / Wright, H.T.
履歴
登録2002年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32013年8月21日Group: Non-polymer description
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_ins_code / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine Hydroxymethyltransferase
B: Serine Hydroxymethyltransferase
C: Serine Hydroxymethyltransferase
D: Serine Hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,63516
ポリマ－211,6644
非ポリマー2,97012
水6,810378
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26890 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area58770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.084, 114.084, 156.719
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Serine Hydroxymethyltransferase / SERINE METHYLASE / GLYCINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE / SHMT


分子量: 52916.113 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / プラスミド: PET 22B(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3)
参照: UniProt: p07511, UniProt: P07511*PLUS, glycine hydroxymethyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 390分子

#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#4: 化合物 ChemComp-TGF / 2-[4-(4-{4-[(2-AMINO-5-FORMYL-4-OXO-3,4,5,6,7,8-HEXAHYDRO-PTERIDIN-6-YLMETHYL)-AMINO]-BENZOYLAMINO}-4-CARBOXY-BUTYRYLAM INO)-4-CARBOXY-BUTYRYLAMINO]-PENTANEDIOIC ACID / TRIGLU-5-FORMYL-TETRAHYDROFOLATE


分子量: 731.667 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H37N9O13
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: small tubes / pH: 7
詳細: 50 mg/ml Shmt 3% PEG 4000 50 mM Potassium-2(N-morpholino-)ethanesulfonate, pH 7.0, SMALL TUBES, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: unknown / 詳細: used seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
150 mg/mlprotein11
23 %PEG400011
350 mMpotassium MES11pH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年12月7日 / 詳細: Osmic Confocal optics
放射モノクロメーター: Osmic Confocal Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→99 Å / Num. all: 55833 / Num. obs: 48527 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 46.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.524 / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / % possible all: 93.6
反射
*PLUS
Num. obs: 48537 / % possible obs: 87 % / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 1.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2.1 Angstrom Structure of Rabbit Cytosolic Serine Hydroxymethyltransferase

解像度: 2.7→19.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 960476 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 4794 10.1 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.22 47570 86.7 %-
all-55833 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.9412 Å2 / ksol: 0.267359 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 48.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.65 Å20 Å20 Å2
2---0.65 Å20 Å2
3---1.29 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.36 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13700 0 198 378 14276
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.03
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 816 9.6 %
Rwork0.32 7660 -
obs--93.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PLP.PARamWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3patch_plpur.paramPLP.Top
X-RAY DIFFRACTION4PATCH_PLP2.PARampatch_plpur.top
X-RAY DIFFRACTION5PATCH_PLP_EXTALD.PARamPATCH_PLP2.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg2
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.406 / Rfactor Rwork: 0.321

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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