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- PDB-6smr: A. thaliana serine hydroxymethyltransferase isoform 4 (AtSHMT4) i... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6smr | ||||||
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Title | A. thaliana serine hydroxymethyltransferase isoform 4 (AtSHMT4) in complex with methotrexate | ||||||
![]() | Serine hydroxymethyltransferase 4 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / SHMT / antifolate | ||||||
Function / homology | ![]() salicylic acid binding / serine binding / L-serine catabolic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / plasmodesma / tetrahydrofolate metabolic process / tetrahydrofolate interconversion / folic acid metabolic process ...salicylic acid binding / serine binding / L-serine catabolic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / plasmodesma / tetrahydrofolate metabolic process / tetrahydrofolate interconversion / folic acid metabolic process / circadian rhythm / pyridoxal phosphate binding / one-carbon metabolic process / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ruszkowski, M. / Sekula, B. / Dauter, Z. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis of methotrexate and pemetrexed action on serine hydroxymethyltransferases revealed using plant models. Authors: Ruszkowski, M. / Sekula, B. / Ruszkowska, A. / Contestabile, R. / Nogues, I. / Angelaccio, S. / Szczepaniak, A. / Dauter, Z. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 751.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 623.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6smnC ![]() 6smwC ![]() 6cd0S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 52052.035 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: O23254, glycine hydroxymethyltransferase |
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-Non-polymers , 5 types, 982 molecules ![](data/chem/img/PLS.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/MTX.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/MTX.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-PLS / [ #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-TRS / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 45.95 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.2 Details: Crystals grew in 80 mM Tris-HCl pH 8.2, 20% PEG3350. Mature crystals were transferred to drops with 80 mM Tris-HCl pH 8.2, 20% PEG3350, 20% ethylene glycol, 50 mM L-serine, and 10 mM MTX. ...Details: Crystals grew in 80 mM Tris-HCl pH 8.2, 20% PEG3350. Mature crystals were transferred to drops with 80 mM Tris-HCl pH 8.2, 20% PEG3350, 20% ethylene glycol, 50 mM L-serine, and 10 mM MTX. After 24-h incubation, crystals were harvested and vitrified in liquid nitrogen. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 27, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.12→90 Å / Num. obs: 106878 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 4.2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 11.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.12→2.25 Å / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.666 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 17038 / CC1/2: 0.79 / Rrim(I) all: 0.76 / % possible all: 98.7 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6cd0 Resolution: 2.12→88.3 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / Phase error: 24.02
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 140.06 Å2 / Biso mean: 38.9 Å2 / Biso min: 16.08 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.12→88.3 Å
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Refine LS restraints |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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