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- PDB-1lm8: Structure of a HIF-1a-pVHL-ElonginB-ElonginC Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lm8
タイトルStructure of a HIF-1a-pVHL-ElonginB-ElonginC Complex
要素
  • ELONGIN B
  • ELONGIN C
  • Hypoxia-inducible factor 1 alpha
  • Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードTRANSCRIPTION / REGULATION / tumor suppressor / oxygen sensing
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / neural fold elevation formation / iris morphogenesis / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / elastin metabolic process / regulation of transforming growth factor beta2 production / glandular epithelial cell maturation / : / hemoglobin biosynthetic process ...epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / neural fold elevation formation / iris morphogenesis / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / elastin metabolic process / regulation of transforming growth factor beta2 production / glandular epithelial cell maturation / : / hemoglobin biosynthetic process / cardiac ventricle morphogenesis / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / negative regulation of growth / positive regulation of hormone biosynthetic process / intestinal epithelial cell maturation / Cellular response to hypoxia / retina vasculature development in camera-type eye / mesenchymal cell apoptotic process / regulation of protein neddylation / negative regulation of bone mineralization / regulation of cellular response to hypoxia / PTK6 Expression / intracellular oxygen homeostasis / collagen metabolic process / B-1 B cell homeostasis / vascular endothelial growth factor production / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / dopaminergic neuron differentiation / transcription regulator activator activity / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / VCB complex / elongin complex / negative regulation of thymocyte apoptotic process / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / lactate metabolic process / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / negative regulation of TOR signaling / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Replication of the SARS-CoV-1 genome / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / response to iron ion / neural crest cell migration / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / embryonic hemopoiesis / regulation of glycolytic process / motile cilium / intracellular membraneless organelle / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / DNA-binding transcription repressor activity / muscle cell cellular homeostasis / digestive tract morphogenesis / DNA-binding transcription activator activity / PTK6 promotes HIF1A stabilization / response to muscle activity / positive regulation of neuroblast proliferation / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / axonal transport of mitochondrion / bone mineralization / E-box binding / intracellular glucose homeostasis / heart looping / outflow tract morphogenesis / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / TOR signaling / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / positive regulation of macroautophagy / cellular response to interleukin-1 / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / neuroblast proliferation / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / epithelial to mesenchymal transition / chondrocyte differentiation / embryonic placenta development / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / negative regulation of signal transduction / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / positive regulation of chemokine production / negative regulation of TORC1 signaling / protein serine/threonine kinase binding / positive regulation of endothelial cell proliferation / lactation / axon cytoplasm / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / negative regulation of autophagy
類似検索 - 分子機能
Hypoxia-inducible factor-1 alpha / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor 1-alpha bHLH domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / PAS fold-3 ...Hypoxia-inducible factor-1 alpha / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor 1-alpha bHLH domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / PAS fold-3 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / PAS fold / Elongin-C / Elongin B / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B / Hypoxia-inducible factor 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Min, J.-H. / Yang, H. / Ivan, M. / Gertler, F. / Kaelin JR., W.G. / Pavletich, N.P.
引用ジャーナル: Science / 年: 2002
タイトル: Structure of an HIF-1alpha -pVHL complex: hydroxyproline recognition in signaling.
著者: Min, J.H. / Yang, H. / Ivan, M. / Gertler, F. / Kaelin Jr., W.G. / Pavletich, N.P.
履歴
登録2002年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: ELONGIN B
C: ELONGIN C
V: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
H: Hypoxia-inducible factor 1 alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9774
ポリマ－44,9774
非ポリマー00
水9,422523
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6350 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area17810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.5, 59.5, 245.4
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 ELONGIN B


分子量: 13147.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX-4T-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質 ELONGIN C


分子量: 10843.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pBB75 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質 Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / VHL


分子量: 18558.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX-4T-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#4: タンパク質・ペプチド Hypoxia-inducible factor 1 alpha / HIF-1 alpha / ARNT interacting protein / MOP1


分子量: 2427.726 Da / 分子数: 1 / Fragment: Residues 556-575 / 由来タイプ: 合成
詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THE PROTEIN IS NATURALLY FOUND IN Homo sapiens.
参照: UniProt: Q16665
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 523 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.02 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
121 mg/mlprotein1drop
25 mMBis-Tris propane1droppH7.0
3200 mM1dropNaCl
45 mMdithiothreitol1drop
524 %(w/v)PME50001reservoir
60.1 Mpotassium phosphate1reservoirpH6.5
70.2 Mammonium sulfate1reservoir
85 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→15 Å / Num. all: 38461 / Num. obs: 34115 / % possible obs: 88.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.382 / % possible all: 76.5
反射
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Num. measured all: 248351 / Rmerge(I) obs: 0.079
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 76.5 % / Rmerge(I) obs: 0.382

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VCB

1vcb


解像度: 1.85→15 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1360 5 %random
Rwork0.196 ---
all-38866 --
obs-33935 87.3 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.853 Å2--
2--0.853 Å2-
3----1.706 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2883 0 0 523 3406
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Rfactor obs: 0.196 / Rfactor Rfree: 0.236 / Rfactor Rwork: 0.196
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.4
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.85 Å / 最低解像度: 1.92 Å / Rfactor Rfree: 0.293 / Rfactor Rwork: 0.248 / Rfactor obs: 0.248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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