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- PDB-6gfy: pVHL:EloB:EloC in complex with modified VH032 containing (3R,4S)-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gfy
タイトルpVHL:EloB:EloC in complex with modified VH032 containing (3R,4S)-3-fluoro-4-hydroxyproline (ligand 14a)
要素
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードLIGASE / protein complex / ubiquitin ligase / hypoxia inducible factor / fluorinated hydroxyproline
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / RHOBTB3 ATPase cycle / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle ...regulation of cellular response to hypoxia / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / RHOBTB3 ATPase cycle / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / negative regulation of signal transduction / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / protein serine/threonine kinase binding / negative regulation of autophagy / transcription corepressor binding / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / positive regulation of cell differentiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cell morphogenesis / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / microtubule cytoskeleton / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / Replication of the SARS-CoV-2 genome / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation / molecular adaptor activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein stabilization / cilium / protein ubiquitination / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Elongin-C / Elongin B / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EXH / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
Model detailspVHL:EloB:EloC in complex with ........ (ligand 14a)
データ登録者Gadd, M.S. / Testa, A. / Ciulli, A.
資金援助1件
組織認可番号国
European Research CouncilERC-2012-StG-311460 DrugE3CRLs
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: 3-Fluoro-4-hydroxyprolines: Synthesis, Conformational Analysis, and Stereoselective Recognition by the VHL E3 Ubiquitin Ligase for Targeted Protein Degradation.
著者: Testa, A. / Lucas, X. / Castro, G.V. / Chan, K.H. / Wright, J.E. / Runcie, A.C. / Gadd, M.S. / Harrison, W.T.A. / Ko, E.J. / Fletcher, D. / Ciulli, A.
履歴
登録2018年5月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Elongin-B
B: Elongin-C
C: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
D: Elongin-B
E: Elongin-C
F: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
G: Elongin-B
H: Elongin-C
I: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
J: Elongin-B
K: Elongin-C
L: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,91116
ポリマ－166,94912
非ポリマー1,9624
水4,360242
1
A: Elongin-B
B: Elongin-C
C: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2284
ポリマ－41,7373
非ポリマー4911
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
D: Elongin-B
E: Elongin-C
F: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2284
ポリマ－41,7373
非ポリマー4911
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
G: Elongin-B
H: Elongin-C
I: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2284
ポリマ－41,7373
非ポリマー4911
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
J: Elongin-B
K: Elongin-C
L: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2284
ポリマ－41,7373
非ポリマー4911
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.115, 94.115, 367.972
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
31G
41J
12B
22E
32H
42K
13C
23F
33I
43L
14C
24F
34I
15C
25F
35I
45L

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 999
2114D1 - 999
3114G1 - 999
4114J1 - 999
1124B1 - 999
2124E1 - 999
3124H1 - 999
4124K1 - 999
1134C1 - 169
2134F1 - 169
3134I1 - 169
4134L1 - 169
1144C170 - 186
2144F170 - 186
3144I170 - 186
1154C186 - 999
2154F186 - 999
3154I186 - 999
4154L186 - 999

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.999802, 0.018972, -0.006076), (-0.018956, 0.999817, 0.002615), (0.006124, -0.002499, 0.999978)-3.90169, 48.347172, -0.24389
3given(0.998603, -0.052277, 0.007747), (0.052713, 0.995759, -0.075404), (-0.003773, 0.075707, 0.997123)42.541069, 55.40733, -0.67847
4given(0.999122, -0.034562, 0.023683), (0.036017, 0.997296, -0.064052), (-0.021405, 0.064849, 0.997666)47.15929, 7.33448, -4.05129
5given(1), (1), (1)
6given(0.999873, 0.015713, -0.002601), (-0.015722, 0.99987, -0.003485), (0.002546, 0.003525, 0.999991)-4.27047, 48.550579, -0.17384
7given(0.999073, -0.038002, 0.020222), (0.039832, 0.994244, -0.099459), (-0.016326, 0.100173, 0.994836)41.599579, 56.62093, -0.7333
8given(0.999297, -0.018962, 0.032337), (0.021916, 0.995372, -0.093568), (-0.030413, 0.094211, 0.995088)45.81052, 8.97837, -5.53233
9given(1), (1), (1)
10given(0.999884, -0.015058, 0.002234), (0.01511, 0.999552, -0.025839), (-0.001844, 0.02587, 0.999664)-4.48626, 48.931641, 0.01741
11given(0.998546, -0.050434, 0.019021), (0.05138, 0.997267, -0.053095), (-0.016291, 0.053995, 0.998408)41.34626, 52.971581, -0.61888
12given(0.998659, -0.042758, 0.029183), (0.043818, 0.998365, -0.036711), (-0.027565, 0.037941, 0.9989)47.02293, 4.48019, -2.80375
13given(1), (1), (1)
14given(0.999884, 0.012185, 0.009161), (-0.011863, 0.999337, -0.034427), (-0.009574, 0.034314, 0.999365)-5.12823, 50.706661, 0.52175
15given(0.997787, -0.056503, -0.035059), (0.05402, 0.996214, -0.068113), (0.038775, 0.066069, 0.997061)45.73436, 54.76759, -0.55586
16given(1), (1), (1)
17given(0.999913, -0.003978, 0.012589), (0.004204, 0.99983, -0.017975), (-0.012516, 0.018026, 0.999759)-5.45085, 48.636719, 0.46928
18given(0.997414, -0.067366, 0.025029), (0.068991, 0.995085, -0.071037), (-0.02012, 0.07258, 0.99716)40.93124, 54.642189, -0.48828
19given(0.998925, -0.010097, 0.045241), (0.012033, 0.999014, -0.042723), (-0.044765, 0.043222, 0.998062)43.8792, 4.40396, -3.14375

-
要素

#1: タンパク質
Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11956.372 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質
Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質
von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18806.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / プラスミド: pHAT4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#4: 化合物
ChemComp-EXH / (2~{R},3~{R},4~{S})-1-[(2~{S})-2-acetamido-3,3-dimethyl-butanoyl]-3-fluoranyl-~{N}-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide


分子量: 490.591 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H31FN4O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 % / Mosaicity: 0.13 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 / 詳細: PEG 3350, MgOAc, Sodium cacodylate, DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→49.36 Å / Num. obs: 46704 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.7-2.7980.7644400.8150.2850.81399.8
10.46-49.367.10.0539690.9980.0210.05799.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NVV

5nvv


解像度: 2.7→49.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 27.884 / SU ML: 0.284 / SU R Cruickshank DPI: 3.7381 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 3.738 / ESU R Free: 0.354
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2584 2380 5.1 %RANDOM
Rwork0.1991 ---
obs0.2022 44252 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 135.45 Å2 / Biso mean: 51.899 Å2 / Biso min: 20.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å2-0 Å20 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3---0.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→49.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10626 0 136 242 11004
Biso mean--35.81 39.09 -
残基数----1338
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01911008
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210534
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1762.00114971
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7563.00424215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.79351322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.36523.292486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.566151813
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5071590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21709
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02112173
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022449
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1584MEDIUM POSITIONAL0.290.5
12D1584MEDIUM POSITIONAL0.260.5
13G1584MEDIUM POSITIONAL0.30.5
14J1584MEDIUM POSITIONAL0.330.5
11A1584MEDIUM THERMAL4.162
12D1584MEDIUM THERMAL3.792
13G1584MEDIUM THERMAL4.122
14J1584MEDIUM THERMAL4.482
21B1358MEDIUM POSITIONAL0.310.5
22E1358MEDIUM POSITIONAL0.330.5
23H1358MEDIUM POSITIONAL0.370.5
24K1358MEDIUM POSITIONAL0.350.5
21B1358MEDIUM THERMAL6.472
22E1358MEDIUM THERMAL4.822
23H1358MEDIUM THERMAL6.682
24K1358MEDIUM THERMAL4.672
31C1690MEDIUM POSITIONAL0.340.5
32F1690MEDIUM POSITIONAL0.380.5
33I1690MEDIUM POSITIONAL0.370.5
34L1690MEDIUM POSITIONAL0.370.5
31C1690MEDIUM THERMAL3.392
32F1690MEDIUM THERMAL3.232
33I1690MEDIUM THERMAL3.862
34L1690MEDIUM THERMAL3.362
41C252MEDIUM POSITIONAL0.310.5
42F252MEDIUM POSITIONAL0.320.5
43I252MEDIUM POSITIONAL0.570.5
41C252MEDIUM THERMAL5.262
42F252MEDIUM THERMAL2.812
43I252MEDIUM THERMAL5.82
51C244MEDIUM POSITIONAL0.40.5
52F244MEDIUM POSITIONAL0.470.5
53I244MEDIUM POSITIONAL0.410.5
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51C244MEDIUM THERMAL5.662
52F244MEDIUM THERMAL6.422
53I244MEDIUM THERMAL6.742
54L244MEDIUM THERMAL5.122
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 166 -
Rwork0.297 3207 -
all-3373 -
obs--99.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1977-1.2920.97583.7236-1.54293.87530.05710.3533-0.0149-0.5506-0.1734-0.13910.0360.24570.11620.1412-0.01480.03270.19440.01290.014744.71464.80647.6
25.97010.7774-0.41911.7143-1.05513.2302-0.0415-0.0840.0411-0.03750.003-0.2506-0.0352-0.08040.03850.05810.02250.00290.21390.0060.046948.32561.13165.186
35.2351-1.0984-2.38021.85891.01132.1349-0.11090.0386-0.1050.1061-0.0088-0.10030.08920.05580.11980.1056-0.066-0.01530.21110.05880.037527.31654.33182.344
43.2118-0.63721.96451.9123-1.43065.3597-0.03260.7720.1818-0.39430.00240.0656-0.61911.16370.03010.344-0.1853-0.00140.58820.00030.040848.2718.07447.317
56.10151.15341.42090.7919-0.70383.8132-0.07910.7381-0.0160.0950.1215-0.0878-0.09050.5489-0.04240.1653-0.05970.01750.4528-0.04450.04652.814.08865.121
65.6409-1.1221-1.26062.16450.86152.1377-0.1186-0.0165-0.21070.10690.0304-0.09130.0144-0.05630.08820.0961-0.0714-0.01790.15470.02290.026231.7917.7582.037
73.8291-0.83960.21141.4413-1.09133.97430.16820.26090.3025-0.3622-0.15430.0151-0.19420.2481-0.01380.2581-0.05930.01990.36560.01960.04453.13412.98347.459
85.37551.3282-0.53421.69-1.51442.5394-0.1011-0.59990.21030.0557-0.0054-0.0194-0.1790.4190.10650.1749-0.03830.00040.6251-0.04880.02186.76910.83565.243
93.3157-0.9904-1.79721.3050.3854.6542-0.1244-0.2992-0.05710.00830.0040.03580.08710.6970.12040.0324-0.05270.00390.30650.00680.0049-14.4736.78982.326
103.0629-1.2256-0.13832.6359-0.70143.29670.07960.2346-0.0051-0.3257-0.17610.1265-0.00120.20260.09650.1687-0.0313-0.01360.19630.0150.0157-0.88760.62347.726
114.0746-0.1114-0.38051.2892-1.18722.6878-0.0284-0.2699-0.0952-0.021-0.12430.0399-0.10710.33520.15270.0672-0.0173-0.00820.3360.03510.02532.12658.50665.494
123.7924-0.5387-2.13981.50720.5413.9358-0.2702-0.2367-0.06980.00570.02880.0340.10710.32470.24140.0414-0.0315-0.00640.19160.04750.0214-19.06653.9682.603
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 104
2X-RAY DIFFRACTION2B16 - 112
3X-RAY DIFFRACTION3C62 - 202
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 103
5X-RAY DIFFRACTION5E16 - 112
6X-RAY DIFFRACTION6F62 - 204
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 103
8X-RAY DIFFRACTION8H16 - 112
9X-RAY DIFFRACTION9I62 - 204
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 103
11X-RAY DIFFRACTION11K16 - 112
12X-RAY DIFFRACTION12L62 - 204

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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