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万見
- PDB-1ktk: Complex of Streptococcal pyrogenic enterotoxin C (SpeC) with a hu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ktk
タイトルComplex of Streptococcal pyrogenic enterotoxin C (SpeC) with a human T cell receptor beta chain (Vbeta2.1)
要素
  • Exotoxin type C
  • T-cell receptor beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Streptococcus / immunity / T cell receptor beta
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / toxin activity ...alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / toxin activity / adaptive immune response / immune response / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 1. / Staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain ...Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 1. / Staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Superantigen toxin, C-terminal / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / : / Ubiquitin-like (UB roll) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor beta constant 1 / Exotoxin type C / Exotoxin type C
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Sundberg, E.J. / Li, H. / Llera, A.S. / McCormick, J.K. / Tormo, J. / Karjalainen, K. / Schlievert, P.M. / Mariuzza, R.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Structures of two streptococcal superantigens bound to TCR beta chains reveal diversity in the architecture of T cell signaling complexes.
著者: Sundberg, E.J. / Li, H. / Llera, A.S. / McCormick, J.K. / Tormo, J. / Schlievert, P.M. / Karjalainen, K. / Mariuzza, R.A.
履歴
登録2002年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exotoxin type C
B: Exotoxin type C
C: Exotoxin type C
D: Exotoxin type C
E: T-cell receptor beta chain
F: T-cell receptor beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,4606
ポリマ－152,4606
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.378, 146.764, 135.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.61, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Exotoxin type C / pyrogenic exotoxin C / SPE C / SpeC


分子量: 24384.285 Da / 分子数: 4 / 変異: H35A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13380, UniProt: Q8NKX2*PLUS
#2: タンパク質 T-cell receptor beta chain / TCR beta chain


分子量: 27461.572 Da / 分子数: 2 / 変異: C13A, C191A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01850
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 15% PEG 8000, 0.2 M MgCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
18 mg/mlprotein1drop
215 %PEG80001reservoir
30.2 M1reservoirMgCl2
40.1 MTris-HCl1reservoirpH8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→100 Å / Num. all: 43729 / Num. obs: 36549 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / % possible all: 81.9
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 100 Å / Num. obs: 43729 / % possible obs: 97.8 % / Num. measured all: 158446 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.5 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Mean I/σ(I) obs: 6.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化解像度: 3→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 256344.22 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.334 1846 5.1 %RANDOM
Rwork0.326 ---
obs0.326 36547 94.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 116.651 Å2 / ksol: 0.613989 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 76.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--27.27 Å20 Å29.8 Å2
2--9.7 Å20 Å2
3---17.57 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.54 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9511 0 0 0 9511
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.15
LS精密化 シェル解像度: 3→3.16 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 278 5.2 %
Rwork0.364 5036 -
obs--81.9 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 4.8 % / Rfactor Rfree: 0.335
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.99
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.15
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.362 / Rfactor Rwork: 0.357 / Rfactor obs: 0.357

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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