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- PDB-1krq: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF CAMPYLOBACTER JEJUNI FERRITIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1krq
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF CAMPYLOBACTER JEJUNI FERRITIN
要素ferritin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / bacterial non-heme ferritin / H-chain like four-helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial non-heme ferritin / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin, prokaryotic-type / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Ferritin, prokaryotic-type / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bacterial non-heme ferritin
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hortolan, L. / Saintout, N. / Granier, G. / Langlois d'Estaintot, B. / Manigand, C. / Mizunoe, Y. / Wai, S.N. / Gallois, B. / Precigoux, G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: STRUCTURE OF CAMPYLOBACTER JEJUNI FERRITIN AT 2.7 A RESOLUTION
著者: Hortolan, L. / Saintout, N. / Granier, G. / Langlois d'Estaintot, B. / Manigand, C. / Mizunoe, Y. / Wai, S.N. / Gallois, B. / Precigoux, G.
履歴
登録2002年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 525SOLVENT WATER MOLECULES HOH 200 AND HOH 201 BIND THE PROTEIN AT THE FERROXYDASE CENTER (INVOLVED ...SOLVENT WATER MOLECULES HOH 200 AND HOH 201 BIND THE PROTEIN AT THE FERROXYDASE CENTER (INVOLVED RESIDUES: GLU 17, GLU 50, HIS 53, GLU 94, GLU 126, GLU 129 and GLU 130) PREVIOUSLY DESCRIBED IN THE FERRITIN OF E.Coli (PDB entry code 1EUM) AND THUS COULD STAND FOR IRON IONS WITH LOW OCCUPANCY FACTORS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ferritin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5111
ポリマ－19,5111
非ポリマー00
水724
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: ferritin
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)468,26424
ポリマ－468,26424
非ポリマー00
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_566z,-x+1,-y+11
crystal symmetry operation7_665-z+1,-x+1,y1
crystal symmetry operation8_656-z+1,x,-y+11
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_656-y+1,z,-x+11
crystal symmetry operation11_566y,-z+1,-x+11
crystal symmetry operation12_665-y+1,-z+1,x1
crystal symmetry operation13_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation14_666-y+1,-x+1,-z+11
crystal symmetry operation15_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation16_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation17_556x,z,-y+11
crystal symmetry operation18_655-x+1,z,y1
crystal symmetry operation19_666-x+1,-z+1,-y+11
crystal symmetry operation20_565x,-z+1,y1
crystal symmetry operation21_556z,y,-x+11
crystal symmetry operation22_565z,-y+1,x1
crystal symmetry operation23_655-z+1,y,x1
crystal symmetry operation24_666-z+1,-y+1,-x+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)152.050, 152.050, 152.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number211
Space group name H-MI432

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要素

#1: タンパク質 ferritin


分子量: 19510.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
遺伝子: cft / プラスミド: pET3b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q46106
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.62 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Ammonium sulfate, PEG400, Hepes, Sodium azide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 296 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年4月17日 / 詳細: W/Si mutilayer mirror
放射モノクロメーター: focused Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→19 Å / Num. all: 8373 / Num. obs: 8373 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 44.75 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.38 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FHA

2fha


解像度: 2.7→15 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 399 5 %RANDOM
Rwork0.203 ---
all0.205 8368 --
obs0.205 8368 98.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CALCULATED FROM COORDINATES / Bsol: 64.48 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 53.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.3 Å
Luzzati d res low-15 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1320 0 0 4 1324
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.05
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d16.27
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.454
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.574
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.654
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.656
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-ID
2.7-2.820.389520.285X-RAY DIFFRACTION
2.82-2.970.3530.265X-RAY DIFFRACTION
2.97-3.150.338430.239X-RAY DIFFRACTION
3.15-3.40.246500.186X-RAY DIFFRACTION
3.4-3.730.234580.194X-RAY DIFFRACTION
3.73-4.260.234430.192X-RAY DIFFRACTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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