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Yorodumi- PDB-2pls: Structural Genomics, the crystal structure of the CorC/HlyC trans... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2pls | ||||||
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Title | Structural Genomics, the crystal structure of the CorC/HlyC transporter associated domain of a CBS domain protein from Chlorobium tepidum TLS | ||||||
Components | CBS domain protein | ||||||
Keywords | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / APC86064.2 / CorC/HlyC transporter associated domain / CBS domain protein / Chlorobium tepidum TLS / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Function and homology information flavin adenine dinucleotide binding / membrane => GO:0016020 / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Chlorobium tepidum TLS (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.15 Å | ||||||
Authors | Tan, K. / Volkart, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: The crystal structure of the CorC/HlyC transporter associated domain of a CBS domain protein from Chlorobium tepidum TLS. Authors: Tan, K. / Volkart, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4, 5, 6 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH ... BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4, 5, 6 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 12 CHAINS. AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS EXPERIMENTALLY UNKNOWN. THE ASSEMBLY SHOWN IN REMARK 350 IS PREDICTED BY THE ANALYSIS OF PROTEIN INTERFACES BASED ON THIS CRYSTAL STRUCTURE. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2pls.cif.gz | 226.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2pls.ent.gz | 193.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2pls.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2pls_validation.pdf.gz | 556.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2pls_full_validation.pdf.gz | 574.1 KB | Display | |
Data in XML | 2pls_validation.xml.gz | 45.1 KB | Display | |
Data in CIF | 2pls_validation.cif.gz | 64.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/2pls ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/2pls | HTTPS FTP |
-Related structure data
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-Links
-Assembly
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | Experimentally unknown. However, the Chains, A,B and C possibly form a trimer. The Chains, D,E and F possiblly form a similar trimer. The Chains, G and H possiblly form a dimer. The Chains, I and J possiblly form a similar dimer. The Chain K possiblly forms a similar dimer with its symmetry-related molecule by an operator of (-x+1,-y,z). The Chain L possiblly forms a similar dimer with its symmetry-related molecule by an operator of (-x+1,-y,z). |
-Components
-Protein , 1 types, 12 molecules ABCDEFGHIJKL
#1: Protein | Mass: 9946.923 Da / Num. of mol.: 12 / Fragment: CorC/HlyC transporter associated domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chlorobium tepidum TLS (bacteria) / Species: Chlorobaculum tepidum / Strain: TLS, DSM 12025 / Gene: CT0541 / Plasmid: pMCSG19 / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: Q8KEZ1 |
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-Non-polymers , 5 types, 588 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ACT / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-FMT / #5: Chemical | ChemComp-MG / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 52.97 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.2M MgCl, 0.1M Tris-HCl, 25% PEG3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97921, 0.97938 | |||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Feb 21, 2007 / Details: mirror | |||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 crystal / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.15→48.51 Å / Num. all: 68297 / Num. obs: 68297 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 30.4 | |||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.15→2.23 Å / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 6599 / % possible all: 97 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.15→48.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 9.966 / SU ML: 0.137 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.189 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 38.446 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→48.51 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.15→2.2 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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