PDB-4k51: Crystal Structure of the PCI domain of eIF3a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4k51

タイトル

Crystal Structure of the PCI domain of eIF3a

要素

Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / eIF3 / PCI domain / translation initiation

機能・相同性

機能・相同性情報

eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / incipient cellular bud site / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / multi-eIF complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Khoshnevis, S. / Neumann, P. / Ficner, R.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structural integrity of the PCI domain of eIF3a/TIF32 is required for mRNA recruitment to the 43S pre-initiation complexes.
著者: Khoshnevis, S. / Gunisova, S. / Vlckova, V. / Kouba, T. / Neumann, P. / Beznoskova, P. / Ficner, R. / Valasek, L.S.

履歴

登録	2013年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月19日	Group: Database references
改定 1.2	2014年4月16日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4k51.cif.gz	162 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4k51.ent.gz	132.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4k51.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4k51_validation.pdf.gz	437.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4k51_full_validation.pdf.gz	448.3 KB	表示
XML形式データ	4k51_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	4k51_validation.cif.gz	19.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/4k51 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/4k51	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1zth-4 4gn3-3 5vas-d 2gen-d 3ppn-1 5ahz-d 3chg-3 2ywa-2 4gn3-9 1qne-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A

B: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A

51.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A

登録者が定義した集合体
25.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A

登録者が定義した集合体
25.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.140, 137.140, 137.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3

#1: タンパク質	Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / eIF3a / Eukaryotic translation initiation factor 3 110 kDa subunit homolog / eIF3 p110 / ...eIF3a / Eukaryotic translation initiation factor 3 110 kDa subunit homolog / eIF3 p110 / Translation initiation factor eIF3 / p110 subunit homolog 分子量: 25614.117 Da / 分子数: 2 / 断片: PCI, UNP residues 276-494 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPG1, TIF32, YBR079C, YBR0734 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38249

#1: タンパク質

Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / eIF3a / Eukaryotic translation initiation factor 3 110 kDa subunit homolog / eIF3 p110 / ...

分子量: 25614.117 Da / 分子数: 2 / 断片: PCI, UNP residues 276-494 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPG1, TIF32, YBR079C, YBR0734 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38249

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.37 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG, buffer, salt, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 46241

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHARP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.65→48.486 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2861	630	5.01 %
R_work	0.2489	-	-
obs	0.2508	12582	99.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→48.486 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3032	0	0	0	3032

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3100
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.265	4207
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.357	1141
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	493
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	520

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6501-2.8547	0.296	125	0.3231	2370	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8547-3.1419	0.427	125	0.3117	2378	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1419-3.5964	0.2995	125	0.2649	2359	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5964-4.5306	0.2566	126	0.2275	2393	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5306-48.4944	0.2685	129	0.2312	2452	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0078	0.4094	-0.6412	1.6163	0.164	1.3861	-0.0003	-0.0317	0.3353	0.2312	0.0255	0.1406	-0.2887	0.2297	-0.0161	0.423	-0.0343	0.0044	0.2449	-0.0101	0.2657	67.822	19.9049	6.5898
2	0.576	-0.0301	0.0138	0.3011	-0.6722	0.0239	-0.0192	0.1532	-0.1755	-0.0525	-0.139	0.2228	0.2952	0.382	-0.0875	0.559	0.0035	0.0488	0.2607	0.0522	0.2844	70.835	-0.4165	20.1335
3	0.0058	0.0713	0.0365	0.0183	-0.0054	-0.0047	-0.225	0.3202	-0.2192	-0.7885	0.1603	-0.3591	0.1565	-0.6345	0.0003	1.5816	0.1902	-0.0513	1.48	-0.1934	1.1965	-39.5825	-36.5583	16.1949
4	-0.0309	-0.0621	0.0434	-0.0023	0.0499	-0.0052	-0.1055	0.7243	-0.1121	-0.1979	0.6259	0.0961	0.3119	0.3073	-0.0002	1.6098	0.3285	-0.0863	1.3171	-0.081	1.0625	-33.5944	-33.3257	10.6441
5	-0.0138	-0.1448	-0.0524	-0.0989	-0.0484	-0.0226	-0.3717	-0.1762	0.1902	-0.1472	0.2301	0.1306	-0.0769	0.2392	-0.0001	1.6458	0.5931	0.2487	1.5493	0.2439	1.438	-33.1386	-23.6353	10.6111
6	-0.0148	-0.0607	-0.0125	0.0206	0.0751	0.0492	-0.307	0.5651	0.4391	-0.3327	0.2437	-0.4044	0.2411	-0.4306	0.0002	1.0582	0.1477	0.214	1.856	0.6707	1.62	-16.8561	-25.5256	15.6953
7	-0.0145	0.0003	0.0521	-0.0497	0.0245	-0.0259	-0.5651	0.1163	-0.0103	0.1248	-0.9168	-0.2649	0.0412	-0.1152	0	0.9882	-0.1759	0.1045	1.5691	0.2325	1.5813	-19.5098	-19.3327	24.7058
8	0.0006	-0.0624	0.0415	0.065	0.2002	-0.0639	-0.135	0.0541	0.3592	0.7832	0.0016	-0.279	0.577	0.18	-0.0013	1.0098	0.3019	0.3513	1.4624	0.344	1.2853	-14.6714	-34.3749	29.5667
9	-0.0496	-0.0583	-0.0273	0.0193	-0.0705	0.0443	0.0383	0.8246	0.3505	0.8522	0.4822	-0.5764	0.1253	0.4443	-0.0002	0.7864	0.0967	-0.3377	1.4662	-0.1571	1.8773	-15.8502	-32.5612	37.3806

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 278 through 417 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 418 through 493 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 278 through 295 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 296 through 312 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 313 through 333 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 334 through 399 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 400 through 417 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 418 through 444 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 445 through 475 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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