PDB-1kn3: Murine PEBP-2 (phosphatidylethanolamine-binding protein-2)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1kn3

タイトル

Murine PEBP-2 (phosphatidylethanolamine-binding protein-2)

要素

Phosphatidylethanolamine Binding Protein-2

キーワード

PROTEIN BINDING / Phosphatidylethanolamine binding / Raf-1 kinase inhibitor / Cis-peptide

機能・相同性

機能・相同性情報

serine-type endopeptidase inhibitor activity / lipid binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Simister, P.C. / Banfield, M.J. / Brady, R.L.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: The crystal structure of PEBP-2, a homologue of the PEBP/RKIP family.
著者: Simister, P.C. / Banfield, M.J. / Brady, R.L.

履歴

登録	2001年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1kn3.cif.gz	52.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1kn3.ent.gz	36.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1kn3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1kn3_validation.pdf.gz	426.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1kn3_full_validation.pdf.gz	428.1 KB	表示
XML形式データ	1kn3_validation.xml.gz	10.6 KB	表示
CIF形式データ	1kn3_validation.cif.gz	14.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/1kn3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/1kn3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1bd9S 1a44 1beh 1fjj 1fux 1qou S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2iqx-2 1p03-d 7jmt-4 5c6h-13 2iqx-1 2ull-d 1p11-d 7jmt-3 1p01-d 3wiy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphatidylethanolamine Binding Protein-2

20.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.816, 51.401, 79.765
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Phosphatidylethanolamine Binding Protein-2 / mPEBP-2 分子量: 20777.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: pebp-2 / プラスミド: pET-28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8VIN1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Phosphatidylethanolamine Binding Protein-2 / mPEBP-2

分子量: 20777.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: pebp-2 / プラスミド: pET-28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8VIN1

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.87 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 4000, 200mM sodium acetate trihydrate, 100mM Tris.HCl, pH 8.5, VAPOUR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

結晶化

*PLUS

pH: 6 / 手法: unknown

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	7.5 mg/ml	protein	1	1
2	20 mM	Bis-Tris	1	1
3	100 mM		1	1	pH6.	NaCl
4	30 %	PEG4000	1	2
5	200 mM	sodium acetate trihydrate	1	2
6	100 mM	Tris-HCl	1	2	pH8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月18日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 16223 / Num. obs: 15638 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 17.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.084
反射シェル	解像度: 1.8→1.88 Å / 冗長度: 3.26 % / R_merge(I) obs: 0.116 / Mean I/σ(I) obs: 8.5 / % possible all: 92.4
反射	PLUS 最低解像度: 30 Å / R_merge(I) obs*: 0.084
反射シェル	PLUS % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs*: 0.116

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
AMoRE		位相決定
REFMAC	5	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BD9

1bd9

解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / SU B: 3.94 / SU ML: 0.127 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26667	801	5.1 %	Random
R_work	0.21043	-	-	-
all	0.21315	14777	-	-
obs	0.21315	14777	96.5 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.47 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1444	0	0	123	1567

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.448	1.947	2023
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.201	3	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.413	15	256
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	215
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.3	682
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.195	0.5	168
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.269	0.3	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.337	0.5	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.757	1.5	901
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.135	2	1462
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.981	3	583
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.08	4.5	561
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.923 Å / Total num. of bins used: 8

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.243	139	-
R_work	0.221	2561	-
obs	-	2561	94.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 10.3695 Å / Origin y: 22.7567 Å / Origin z: 11.8122 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0545 Å²	0.0212 Å²	-0.0282 Å²	-	0.0498 Å²	-0.0206 Å²	-	-	0.0169 Å²
L	2.2223 °²	-0.3801 °²	0.1449 °²	-	2.8388 °²	0.289 °²	-	-	1.445 °²
S	0.0871 Å °	0.1771 Å °	-0.0747 Å °	-0.2599 Å °	-0.13 Å °	0.2094 Å °	-0.0336 Å °	-0.1396 Å °	0.0429 Å °

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 20 Å / R_factor all: 0.21315 / R_factor obs: 0.21 / R_factor R_free: 0.267 / R_factor R_work: 0.21

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.49

LS精密化シェル

*PLUS

最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.88 Å / R_factor R_free: 0.24 / R_factor R_work: 0.22 / R_factor obs: 0.22

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)