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- PDB-1kdw: X-ray crystal structure of AmpC beta-lactamase from E. coli in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kdw
タイトルX-ray crystal structure of AmpC beta-lactamase from E. coli in complex with the inhibitor 4-carboxyphenylboronic acid
要素beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / cephalosporinase / beta-lactamase / serine hydrolase / phenylboronic acid inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-CARBOXYPHENYLBORONIC ACID / PHOSPHATE ION / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Powers, R.A. / Shoichet, B.K.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2002
タイトル: Structure-based approach for binding site identification on AmpC beta-lactamase.
著者: Powers, R.A. / Shoichet, B.K.
履歴
登録2001年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-lactamase
B: beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,6035
ポリマ－79,1762
非ポリマー4273
水4,738263
1
A: beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8493
ポリマ－39,5881
非ポリマー2612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7542
ポリマ－39,5881
非ポリマー1661
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.550, 77.380, 97.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 beta-lactamase / Cephalosporinase


分子量: 39587.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: K12 / プラスミド: pOGO295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00811, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-4CB / 4-CARBOXYPHENYLBORONIC ACID / 4-カルボキシフェニルボロン酸


分子量: 165.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7BO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.71 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: 1.7 M potassium phosphate, 485 uM 4-carboxyphenylboronic acid, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
結晶化
*PLUS
温度: 23 ℃ / 詳細: used microseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11.7 Mpotassium phosphate1reservoirpH8.7
20.485 mMprotein1drop
31.7 Mpotassium phosphate1droppH8.7

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→20 Å / Num. all: 36794 / Num. obs: 33450 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 25.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.28→2.37 Å / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 62.6
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 90630 / Rmerge(I) obs: 0.075
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 62.6 % / Rmerge(I) obs: 0.19

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1C3B

1c3b


解像度: 2.28→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 3282 10 %random
Rwork0.186 ---
all-33450 --
obs-33018 --
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5553 0 29 263 5845
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.37 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 263 10 %
Rwork0.252 --
obs-2632 -
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.234 / Rfactor Rwork: 0.186
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.345 / Rfactor Rwork: 0.252

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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