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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kc1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of dTDP-6-deoxy-L-lyxo-4-hexulose reductase (RmlD) in complex with NADPH | ||||||
![]() | dTDP-glucose oxidoreductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Rossman-fold / sugar-nucleotide-binding domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() dTDP-4-dehydrorhamnose reductase / dTDP-4-dehydrorhamnose reductase activity / O antigen biosynthetic process / dTDP-rhamnose biosynthetic process / lipopolysaccharide biosynthetic process / extracellular polysaccharide biosynthetic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Blankenfeldt, W. / Kerr, I.D. / Giraud, M.F. / McMiken, H.J. / Leonard, G.A. / Whitfield, C. / Messner, P. / Graninger, M. / Naismith, J.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Variation on a theme of SDR. dTDP-6-deoxy-L- lyxo-4-hexulose reductase (RmlD) shows a new Mg2+-dependent dimerization mode. 著者: Blankenfeldt, W. / Kerr, I.D. / Giraud, M.F. / McMiken, H.J. / Leonard, G. / Whitfield, C. / Messner, P. / Graninger, M. / Naismith, J.H. #1: ![]() タイトル: Overexpression, purification, crystallisation and preliminary structural study of dTDP-6-deoxy-lyxo-4-reductase (RmlD) the fourth enzyme of the dTDP-rhanose synthesis pathway,from ...タイトル: Overexpression, purification, crystallisation and preliminary structural study of dTDP-6-deoxy-lyxo-4-reductase (RmlD) the fourth enzyme of the dTDP-rhanose synthesis pathway,from Salmonella entrica serovar Typhimurim 著者: Giraud, M.F. / McMiken, H.J. / Leonard, G.A. / Messner, P. / Whitfield, C. / Naismith, J.H. #2: ![]() タイトル: The rhamnose pathway 著者: Giraud, M.F. / Naismith, J.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 74.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a dimer generated by the twofold axis along c: -x, -y, z. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32589.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: rfbA / プラスミド: pET30 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 化合物 | ChemComp-NDP / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.93 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: HEPES, PEG 4000, magnesium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→39.84 Å / Num. all: 8506 / Num. obs: 8506 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 70 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 7.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 38031 / Rmerge(I) obs: 0.066 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.4 % / Rmerge(I) obs: 0.475 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: TLS-refinement with 3 TLS-bodies (cofactor-binding domain, substrate-binding domain, waters) throughout
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原子変位パラメータ | Biso mean: 36.35 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.354 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→81.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.173 / Rfactor Rfree: 0.251 / Rfactor Rwork: 0.169 | ||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.366 / Rfactor Rwork: 0.244 |