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- PDB-1n2s: CRYSTAL STRUCTURE OF DTDP-6-DEOXY-L-LYXO-4-HEXULOSE REDUCTASE (RM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n2s
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF DTDP-6-DEOXY-L-LYXO-4-HEXULOSE REDUCTASE (RMLD) IN COMPLEX WITH NADH
要素dTDP-glucose oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ROSSMAN-FOLD / SUGAR-NUCLEOTIDE-BINDING DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine adenosyltransferase regulator activity / dTDP-4-dehydrorhamnose reductase / dTDP-4-dehydrorhamnose reductase activity / methionine adenosyltransferase complex / O antigen biosynthetic process / dTDP-rhamnose biosynthetic process / lipopolysaccharide biosynthetic process / S-adenosylmethionine biosynthetic process / extracellular polysaccharide biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
dTDP-4-dehydrorhamnose reductase family / RmlD-like substrate binding domain / RmlD substrate binding domain / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / dTDP-4-dehydrorhamnose reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Blankenfeldt, W. / Kerr, I.D. / Giraud, M.F. / Mcmiken, H.J. / Leonard, G.A. / Whitfield, C. / Messner, P. / Graninger, M. / Naismith, J.H.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Variation on a Theme of SDR. dTDP-6-Deoxy-L- lyxo-4-Hexulose Reductase (RmlD) Shows a New Mg(2+)-Dependent Dimerization Mode
著者: Blankenfeldt, W. / Kerr, I.D. / Giraud, M.F. / McMiken, H.J. / Leonard, G.A. / Whitfield, C. / Messner, P. / Graninger, M. / Naismith, J.H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Overexpression, purification, crystallisation and preliminary structural study of dTDP-6-deoxy-lyxo-4-reductase (RmlD) the fourth enzyme of the dTDP-rhanose synthesis pathway,from ...タイトル: Overexpression, purification, crystallisation and preliminary structural study of dTDP-6-deoxy-lyxo-4-reductase (RmlD) the fourth enzyme of the dTDP-rhanose synthesis pathway,from Salmonella entrica serovar Typhimurim
著者: Giraud, M.F. / McMiken, H.J. / Leonard, G.A. / Messner, P. / Whitfield, C. / Naismith, J.H.
#2: ジャーナル: Curr.Opin.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: The rhamnose pathway
著者: Giraud, M.F. / Naismith, J.H.
履歴
登録2002年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2002年11月1日ID: 1KC0
改定 1.02002年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年11月6日Group: Non-polymer description
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dTDP-glucose oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4024
ポリマ－32,5901
非ポリマー8123
水2,936163
1
A: dTDP-glucose oxidoreductase
ヘテロ分子

A: dTDP-glucose oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8048
ポリマ－65,1802
非ポリマー1,6246
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.435, 71.572, 82.281
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

MG

21A-902-

HOH

詳細The biological assembly is a dimer generated from the 2-fold crystallographic axis

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要素

#1: タンパク質 dTDP-glucose oxidoreductase / E.C.1.1.1.133 / DTDP-6-DEOXY-L-LYXO-4-HEXULOSE REDUCTASE / DTDP-4-DEHYDRORHAMNOSE REDUCTASE / DTDP-4-KETO-L- ...DTDP-6-DEOXY-L-LYXO-4-HEXULOSE REDUCTASE / DTDP-4-DEHYDRORHAMNOSE REDUCTASE / DTDP-4-KETO-L-RHAMNOSE REDUCTASE / DTDP-6-DEOXY-L-MANNOSE DEHYDROGENASE / DTDP-L-RHAMNOSE SYNTHETASE / RFBA PROTEIN / TDP-RHAMNOSE SYNTHETASE


分子量: 32589.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
生物種: Salmonella enterica / 株: subsp. enterica serovar Typhimurium / 遺伝子: RFBA / プラスミド: PET30A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(LAMBDA DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P26392, dTDP-4-dehydrorhamnose reductase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Tris, PEG 4000, MgCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→54.23 Å / Num. obs: 19137 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
REFMAC5精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→81.7 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: TLS-OPTION WITH COFACTOR- BINDING, SUBSTRATE-BINDING DOMAINS AND WATERS AS THREE SEPARATE TLS-BODIES WAS USED THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 996 5.1 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.202 18528 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.45 Å20 Å20 Å2
2---3.95 Å20 Å2
3---1.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→81.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2287 0 53 163 2503
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8631.971
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9211.5
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5632
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4563
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5684.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.289 65
Rwork0.27 -
obs-1368

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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