PDB-2y99: Crystal Structure of cis-Biphenyl-2,3-dihydrodiol-2,3-dehydrogena...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2y99

タイトル

Crystal Structure of cis-Biphenyl-2,3-dihydrodiol-2,3-dehydrogenase (BphB)from Pandoraea pnomenusa strain B-356 complex with co-enzyme NAD

要素

CIS-2,3-DIHYDROBIPHENYL-2,3-DIOL DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SHORT CHAIN DEHYDROGENASE / SDR

機能・相同性

機能・相同性情報

cis-2,3-dihydrobiphenyl-2,3-diol dehydrogenase / cis-2,3-dihydrobiphenyl-2,3-diol dehydrogenase activity / carbonyl reductase (NADPH) activity / :
類似検索 - 分子機能

生物種

COMAMONAS TESTOSTERONI (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Dhindwal, S. / Patil, D.N. / Kumar, P.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Biochemical Studies and Ligand-Bound Structures of Biphenyl Dehydrogenase from Pandoraea Pnomenusa Strain B-356 Reveal a Basis for Broad Specificity of the Enzyme.
著者: Dhindwal, S. / Patil, D.N. / Mohammadi, M. / Sylvestre, M. / Tomar, S. / Kumar, P.

履歴

登録	2011年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年10月26日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2y99.cif.gz	204.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2y99.ent.gz	166.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2y99.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2y99_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2y99_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	2y99_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	2y99_validation.cif.gz	19.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/2y99 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/2y99	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2y93C 3zv3C 3zv4C 3zv5C 3zv6C 1bdbS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3zv6-1 3eh1-d 3lqf-d 1k7d-d 1ai5-d 3zv3-1 2b3y-2 5aun-1 3zv5-1 1gk9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: CIS-2,3-DIHYDROBIPHENYL-2,3-DIOL DEHYDROGENASE

B: CIS-2,3-DIHYDROBIPHENYL-2,3-DIOL DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

60.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CIS-2,3-DIHYDROBIPHENYL-2,3-DIOL DEHYDROGENASE

B: CIS-2,3-DIHYDROBIPHENYL-2,3-DIOL DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

A: CIS-2,3-DIHYDROBIPHENYL-2,3-DIOL DEHYDROGENASE

B: CIS-2,3-DIHYDROBIPHENYL-2,3-DIOL DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
120 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.140, 76.140, 179.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	CIS-2,3-DIHYDROBIPHENYL-2,3-DIOL DEHYDROGENASE / 2\ / 3-DIHYDRO-2\ / 3-DIHYDROXYBIPHENYL DEHYDROGENASE / 2\ / 3-DIHYDROXY-4-PHENYLHEXA-4\ / 6-DIENE ...2\ / 3-DIHYDRO-2\ / 3-DIHYDROXYBIPHENYL DEHYDROGENASE / 2\ / 3-DIHYDROXY-4-PHENYLHEXA-4\ / 6-DIENE DEHYDROGENASE / B2\ / 3D / BIPHENYL-2\ / 3-DIHYDRO-2\ / 3-DIOL DEHYDROGENASE / BIPHENYL-CIS-DIOL DEHYDROGENASE 分子量: 29381.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) COMAMONAS TESTOSTERONI (バクテリア) 株: B-356 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q46381, cis-2,3-dihydrobiphenyl-2,3-diol dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.41 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: SODIUM MALONATE, PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年11月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→10 Å / Num. obs: 18429 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 29.516 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 6.7
反射シェル	解像度: 2.5→10 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BDB

1bdb

解像度: 2.5→10 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.904 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.822 / SU B: 24.354 / SU ML: 0.287 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.651 / ESU R Free: 0.361 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28631	911	5 %	RANDOM
R_work	0.2166	-	-	-
obs	0.22003	17483	98.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.4 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3913	0	88	250	4251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	4079
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.972	2.006	5548
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.61	5	530
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.131	23.117	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.094	15	618
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.007	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	640
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.163	0.2	2183
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.297	0.2	2772
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.095	0.2	245
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.143	0.2	121
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.089	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.212	1.5	2704
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.38	2	4160
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.341	3	1561
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.636	4.5	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.561 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.384	71	-
R_work	0.301	1215	-
obs	-	-	99.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0885	0.1079	-0.1422	0.1489	-0.1159	0.4197	0.0026	0.006	0.0371	-0.0526	0.0192	-0.0469	-0.0157	0.0329	-0.0218	0.0235	-0.0186	0.0045	0.0046	0.0116	0.0398	15.6908	14.2165	34.3756
2	7.6364	-2.1951	-0.4485	0.631	0.1289	0.0263	-0.4488	0.2999	-0.6768	0.3556	0.3693	-0.2425	0.3205	-0.2918	0.0795	-0.0112	-0.1265	0.0352	-0.0084	0.0199	0.1526	27.7549	5.1915	39.9378
3	4.5427	-3.2865	-0.9829	4.6831	-0.5751	0.9303	-0.1595	-0.2101	0.1382	-0.0593	0.2591	-0.441	-0.0458	0.0977	-0.0996	0.0363	-0.0365	0.0097	-0.0333	-0.012	0.1277	19.4268	-11.9125	34.9344
4	0.5489	0.176	-0.3044	0.1282	0.0302	0.447	-0.0503	0.0363	-0.0875	-0.0963	0.1097	-0.0399	-0.0506	0.0597	-0.0594	0.0057	-0.027	-0.0148	-0.0069	0.0003	0.0408	7.963	-5.3567	30.2027
5	0.307	-0.05	-0.0773	0.0997	-0.0093	0.6885	-0.0045	0.0262	-0.0078	-0.0312	0.0295	0.0004	0.0389	-0.0325	-0.025	0.0174	-0.0162	-0.0048	0.0047	0.0022	0.0241	-9.6934	-10.3779	26.0956
6	1.3583	-1.1548	-0.7737	4.1984	-3.8673	6.8064	-0.2134	-0.2411	0.2488	-0.64	0.23	0.6363	0.1798	0.4618	-0.0165	-0.0058	-0.1767	-0.0155	0.1153	-0.0808	0.0628	-23.0091	-3.1096	30.1203
7	5.3856	-0.4433	-2.5215	0.9799	1.7057	3.5595	-0.1899	-0.1845	-0.4504	-0.0175	-0.0099	0.152	-0.267	-0.1294	0.1998	-0.0027	0.015	0.0018	-0.0115	0.0472	0.0601	-15.0176	13.4555	33.3609
8	0.8674	-0.1422	-0.211	0.3351	0.2995	0.2765	0.0153	0.0922	0.0315	-0.0044	0.0023	0.0134	-0.0303	-0.0432	-0.0177	0.0411	-0.0067	-0.001	-0.0088	0.017	0.0251	-1.987	8.9321	31.1586

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 186
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	187 - 198
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	207 - 223
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	224 - 275
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 186
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	187 - 198
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	207 - 223
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	224 - 275

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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