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万見
- PDB-1k7f: CRYSTAL STRUCTURE OF WILD-TYPE TRYPTOPHAN SYNTHASE COMPLEXED WITH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k7f
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF WILD-TYPE TRYPTOPHAN SYNTHASE COMPLEXED WITH N-[1H-INDOL-3-YL-ACETYL]VALINE ACID
要素
  • TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA CHAIN
  • TRYPTOPHAN SYNTHASE BETA CHAIN
キーワードLYASE / CARBON-OXYGEN LYASE / TRYPTOPHAN BIOSYNTHESIS / PYRIDOXAL PHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / L-tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme ...Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[1H-INDOL-3-YL-ACETYL]VALINE ACID / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Weyand, M. / Schlichting, I. / Marabotti, A. / Mozzarelli, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of a new class of allosteric effectors complexed to tryptophan synthase.
著者: Weyand, M. / Schlichting, I. / Marabotti, A. / Mozzarelli, A.
履歴
登録2001年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA CHAIN
B: TRYPTOPHAN SYNTHASE BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0084
ポリマ－71,4862
非ポリマー5212
水2,702150
1
A: TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA CHAIN
B: TRYPTOPHAN SYNTHASE BETA CHAIN
ヘテロ分子

A: TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA CHAIN
B: TRYPTOPHAN SYNTHASE BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,0168
ポリマ－142,9734
非ポリマー1,0434
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)183.664, 59.074, 67.467
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA CHAIN


分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: TRPA/TRPB / プラスミド: PSTB7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CB149 / 参照: UniProt: P00929, tryptophan synthase
#2: タンパク質 TRYPTOPHAN SYNTHASE BETA CHAIN


分子量: 42787.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: TRPA/TRPB / プラスミド: PSTB7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CB149 / 参照: UniProt: P0A2K1, tryptophan synthase
#3: 化合物 ChemComp-IAV / N-[1H-INDOL-3-YL-ACETYL]VALINE ACID


分子量: 274.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H18N2O3
#4: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: PEG 8000, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 7.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
250 mMsodium bicine1droppH7.8
310 mMsodium-EDTA1drop
41 mMdithioerythritol1drop
50.020 mMpyridoxal phosphate1drop
69-12 %PEG80001reservoir
71.5 mMspermine1reservoir
81 mMEDTA1reservoir
950 mMsodium bicine1reservoirpH7.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→31 Å / Num. obs: 53470 / % possible obs: 90.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.782 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.24 / % possible all: 79.7
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 31 Å / Observed criterion σ(I): -3 / Num. measured all: 148762 / Rmerge(I) obs: 0.067
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 2 Å / % possible obs: 79.7 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 2.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
REFMAC精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QOP

1qop


解像度: 1.9→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25094 2682 5 %RANDOM
Rwork0.19688 ---
obs0.1995 50762 93.78 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.607 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.55 Å20 Å20 Å2
2--4.11 Å20 Å2
3----2.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4777 0 35 150 4962
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0290.021
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.9891.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.062
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it4.9123
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it7.6124.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2330.2
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.20.5
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.1995 / Rfactor Rfree: 0.251 / Rfactor Rwork: 0.195
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.044
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg3.082

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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