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- PDB-1k6o: Crystal Structure of a Ternary SAP-1/SRF/c-fos SRE DNA Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k6o
タイトルCrystal Structure of a Ternary SAP-1/SRF/c-fos SRE DNA Complex
要素
  • 5'-D(*CP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*CP*CP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*G)-3'
  • ETS-domain protein ELK-4
  • Serum response factor
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSCRIPTION FACTOR / COMBINATORIAL GENE REGULATION / ETS PROTEINS / MADS-BOX PROTEINS / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


serum response element binding / positive regulation of transcription by glucose / bronchus cartilage development / lung smooth muscle development / cardiac vascular smooth muscle cell differentiation / trachea cartilage development / dorsal aorta morphogenesis / morphogenesis of an epithelial sheet / regulation of smooth muscle cell differentiation / primitive streak formation ...serum response element binding / positive regulation of transcription by glucose / bronchus cartilage development / lung smooth muscle development / cardiac vascular smooth muscle cell differentiation / trachea cartilage development / dorsal aorta morphogenesis / morphogenesis of an epithelial sheet / regulation of smooth muscle cell differentiation / primitive streak formation / Regulation of NPAS4 gene transcription / tangential migration from the subventricular zone to the olfactory bulb / primary miRNA binding / epithelial cell-cell adhesion / epithelial structure maintenance / negative regulation of amyloid-beta clearance / positive regulation of smooth muscle contraction / skin morphogenesis / cardiac muscle cell myoblast differentiation / trophectodermal cell differentiation / bicellular tight junction assembly / cardiac myofibril assembly / filopodium assembly / NGF-stimulated transcription / heart trabecula formation / positive thymic T cell selection / cell migration involved in sprouting angiogenesis / axon extension / angiogenesis involved in wound healing / long-term synaptic depression / Cardiogenesis / positive regulation of filopodium assembly / platelet formation / sarcomere organization / megakaryocyte development / branching involved in blood vessel morphogenesis / muscle cell cellular homeostasis / stress fiber assembly / heart looping / erythrocyte development / eyelid development in camera-type eye / face development / lung morphogenesis / thyroid gland development / mesoderm formation / associative learning / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / hematopoietic stem cell differentiation / long-term memory / establishment of skin barrier / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / neuron development / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of axon extension / regulation of cell adhesion / response to hormone / response to cytokine / negative regulation of miRNA transcription / negative regulation of cell migration / thymus development / cell-matrix adhesion / hippocampus development / positive regulation of cell differentiation / cellular response to glucose stimulus / chromatin DNA binding / RHO GTPases Activate Formins / platelet activation / positive regulation of miRNA transcription / response to toxic substance / histone deacetylase binding / neuron migration / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular senescence / heart development / actin cytoskeleton organization / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / response to hypoxia / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MADS SRF-like / : / SRF-like / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box superfamily / SRF-type transcription factor (DNA-binding and dimerisation domain) / MADS-box domain signature. / MADS-box domain profile. / MADS ...MADS SRF-like / : / SRF-like / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box superfamily / SRF-type transcription factor (DNA-binding and dimerisation domain) / MADS-box domain signature. / MADS-box domain profile. / MADS / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Serum response factor / ETS domain-containing protein Elk-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Mo, Y. / Ho, W. / Johnston, K. / Marmorstein, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of a ternary SAP-1/SRF/c-fos SRE DNA complex.
著者: Mo, Y. / Ho, W. / Johnston, K. / Marmorstein, R.
履歴
登録2001年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: 5'-D(*CP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*CP*CP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*A)-3'
E: 5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*G)-3'
A: ETS-domain protein ELK-4
B: Serum response factor
C: Serum response factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4465
ポリマ－48,4465
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)161.784, 161.784, 41.224
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*CP*CP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*A)-3'


分子量: 7073.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: c-fos SRE sequence strand 1
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*G)-3'


分子量: 7046.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: c-fos SRE sequence strand 2
#3: タンパク質 ETS-domain protein ELK-4 / Serum Response Factor Accessory Protein 1 / SAP-1


分子量: 11219.207 Da / 分子数: 1 / Fragment: 1-93 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Sap / プラスミド: PRSETA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/LysS / 参照: UniProt: P28324
#4: タンパク質 Serum response factor / SRF


分子量: 11553.439 Da / 分子数: 2 / Fragment: 133-235 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRF / プラスミド: PRESTA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/LysS / 参照: UniProt: P11831

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: PEG 2000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成名称: PEG 2000
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.1 mMSAP-11drop
20.1 mMSRF dimer1drop
30.13 mMSRE DNA duplex1drop
425 mMMES1droppH6.0
58 %PEG20001drop
65 mM1dropMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.0722 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月5日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0722 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.19→50 Å / Num. all: 10616 / Num. obs: 10302 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -1
反射 シェル解像度: 3.19→50 Å / % possible all: 97.1
反射
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 50 Å / Rmerge(I) obs: 0.131

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.19→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2757 -10% of data
Rwork0.2204 --
all0.22 10616 -
obs0.27 10302 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.19→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2020 937 0 0 2957
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.1746
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007045
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.202
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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