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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3r6m | ||||||
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Title | Crystal structure of Vibrio parahaemolyticus YeaZ | ||||||
![]() | YeaZ, resuscitation promoting factor | ||||||
![]() | HYDROLASE / Actin/Hsp70 nucleotide-binding fold / bacterial resuscitation / viable but non-culturable state / resuscitation promoting factor / YgjD / YjeE / Vibrio parahaemolyticus | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Roujeinikova, A. / Aydin, I. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural Analysis of the Essential Resuscitation Promoting Factor YeaZ Suggests a Mechanism of Nucleotide Regulation through Dimer Reorganization. Authors: Aydin, I. / Saijo-Hamano, Y. / Namba, K. / Thomas, C. / Roujeinikova, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 274 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 218.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 451.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 484.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 33.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 45.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2gelS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 2 - 213 / Label seq-ID: 2 - 213
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 22810.561 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: Residues 2-213 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 20% PEG 3350, 200 mM lithium acetate dihydrate, 30 mM Tris HCl pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298 K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Oct 14, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.1→79.489 Å / Num. all: 13608 / Num. obs: 13608 / % possible obs: 92.2 % / Redundancy: 2.5 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 8.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 2GEL Resolution: 3.1→79.489 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 64.537 / SU ML: 0.532 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.664 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 228.56 Å2 / Biso mean: 96.4599 Å2 / Biso min: 44.9 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1→79.489 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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