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Yorodumi- PDB-5br9: Crystal structure of an uncharacterized protein with similarity t... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5br9 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of an uncharacterized protein with similarity to peptidase YEAZ from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
Components | Uncharacterized protein | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / SSGCID / Pseudomonas aeruginosa / Uncharacterized protein / peptidase YEAZ / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
| Function / homology | Function and homology information | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.35 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be publishedTitle: Crystal structure of an uncharacterized protein with similarity to peptidase YEAZ from Pseudomonas aeruginosa Authors: Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5br9.cif.gz | 425 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5br9.ent.gz | 348.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5br9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5br9_validation.pdf.gz | 450.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5br9_full_validation.pdf.gz | 455 KB | Display | |
| Data in XML | 5br9_validation.xml.gz | 40.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 5br9_validation.cif.gz | 57.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/5br9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/5br9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3r6mS S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data | |
| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 25234.791 Da / Num. of mol.: 5 / Fragment: PsaeA.17385.a.B1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) (bacteria)Strain: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / Gene: PA3685 / Plasmid: PsaeA.17385.a.B1 / Production host: ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: Microlytics MCSG1 A3: 10% PEG 8000, 200mM NaCl, 100mM Na2HPO4/ KH2PO4 pH 6.2; PsaeA.17385.a.B1.PS02242 at 20mg/ml; cryo: 20% EG in 2 steps; tray 260042a3, puck ges3-7 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Mar 12, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.35→50 Å / Num. all: 55527 / Num. obs: 55353 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 0.978 / Net I/σ(I): 16.65 / Num. measured all: 277630 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entry 3r6m Resolution: 2.35→48.222 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 21.05 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 131.31 Å2 / Biso mean: 45.8076 Å2 / Biso min: 16.78 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.35→48.222 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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