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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1okj
タイトルcrystal structure of the essential E. coli YeaZ protein by MAD method using the gadolinium complex "DOTMA"
要素TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE BIOSYNTHESIS PROTEIN TSAB
キーワードHYDROLASE / POTENTIAL ZINC PROTEASE / HYPOTHETICAL PROTEASE YEAZ / METALLOPROTEASE / BACTERIAL TARGETS AT IGS-CNRS / FRANCE / BIGS / STRUCTURAL GENOMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


EKC/KEOPS complex / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / maintenance of translational fidelity / metallopeptidase activity / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA threonylcarbamoyl adenosine modification protein TsaB / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GADOLINIUM ION / tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Abergel, C. / Jeudy, S. / Claverie, J.M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: A Complement to the Modern Crystallographer'S Toolbox: Caged Gadolinium Complexes with Versatile Binding Modes.
著者: Stelter, M. / Molina, R. / Jeudy, S. / Kahn, R. / Abergel, C. / Hermoso, J.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: Preliminary Crystallographic Analysis of the Escherichia Coli Yeaz Protein Using the Anomalous Signal of a Gadolinium Derivative.
著者: Jeudy, S. / Stelter, M. / Coutard, B. / Kahn, R. / Abergel, C.
履歴
登録2003年7月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22014年7月23日Group: Database references / Other / Structure summary
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE BIOSYNTHESIS PROTEIN TSAB
B: TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE BIOSYNTHESIS PROTEIN TSAB
C: TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE BIOSYNTHESIS PROTEIN TSAB
D: TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE BIOSYNTHESIS PROTEIN TSAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,69612
ポリマ－110,4384
非ポリマー1,2588
水5,459303
1
A: TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE BIOSYNTHESIS PROTEIN TSAB
B: TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE BIOSYNTHESIS PROTEIN TSAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,47710
ポリマ－55,2192
非ポリマー1,2588
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-22.7 kcal/mol
Surface area19190 Å2
手法PISA
2
C: TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE BIOSYNTHESIS PROTEIN TSAB
D: TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE BIOSYNTHESIS PROTEIN TSAB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2192
ポリマ－55,2192
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-22.9 kcal/mol
Surface area18510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.340, 97.600, 141.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE BIOSYNTHESIS PROTEIN TSAB / HYPOTHETICAL PROTEASE YEAZ / T(6)A37 THREONYLCARBAMOYLADENOSINE BIOSYNTHESIS PROTEIN TSAB


分子量: 27609.381 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GATEWAY PEPTIDE INSERTED ON THE PROTEIN SEQUENCE FOR PROTEIN EXPRESSION AND PURIFICATION
由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / プラスミド: PDEST17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P76256, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-GD3 / GADOLINIUM ION


分子量: 157.250 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細N-TERMINAL INSERTION OF THE GATEWAY PEPTIDE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化pH: 4.7
詳細: PEG 8000, NA ACETATE 0.1M PH 4.7, NACL 0.2M, GLYCEROL 10%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 1.71058
検出器日付: 2003年6月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.71058 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→19.85 Å / Num. obs: 48235 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 33.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.28→2.36 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
autoSHARP位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.28→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 14 C-TERMINUS RESIDUES AND 20 GATEWAY N-TERMINUS RESIDUES DISORDERED IN THE 4 MOLECULES OF THE AU
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 4871 10.1 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.216 48235 98.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.5533 Å2 / ksol: 0.359104 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.03 Å20 Å20 Å2
2---3.35 Å20 Å2
3----0.68 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6672 0 8 303 6983
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.381.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.282
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.152
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.172.5
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.42 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 731 10 %
Rwork0.254 6613 -
obs--91.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMGD.TOPPAR
X-RAY DIFFRACTION3GD.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4PROTEIN.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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