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- PDB-6pqk: Cryogenic crystal structure of barnase A43C/S80C bound to barstar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pqk
タイトルCryogenic crystal structure of barnase A43C/S80C bound to barstar C40A/S59C/A67C/C82A
要素
  • Barstar
  • Ribonuclease
キーワードRNA BINDING PROTEIN / disulfide / Toxin-Antitoxin / complex / nuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / RNA binding / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Barstar-like / Barstar (barnase inhibitor) / Barstar (barnase inhibitor) / Barstar-like superfamily / Barnase; Chain D / : / Barnase / Microbial ribonucleases / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / Ribonuclease/ribotoxin ...Barstar-like / Barstar (barnase inhibitor) / Barstar (barnase inhibitor) / Barstar-like superfamily / Barnase; Chain D / : / Barnase / Microbial ribonucleases / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / Ribonuclease/ribotoxin / ribonuclease / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Ribonuclease / Barstar
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Caro, J.A. / Djanto, V. / Wand, A.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM102447 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Targeting conformational entropy to modulate binding affinity
著者: Caro, J.A. / Djanto, V. / Wand, A.J.
履歴
登録2019年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease
C: Ribonuclease
B: Barstar
D: Barstar
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,34612
ポリマ－49,7184
非ポリマー6288
水7,566420
1
A: Ribonuclease
D: Barstar
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2687
ポリマ－24,8592
非ポリマー4095
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Ribonuclease
B: Barstar
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0785
ポリマ－24,8592
非ポリマー2193
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.704, 68.404, 166.723
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease / Barnase / RNase Ba


分子量: 14522.065 Da / 分子数: 2 / 変異: A43C, S80C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P00648, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: タンパク質 Barstar / Ribonuclease inhibitor


分子量: 10336.739 Da / 分子数: 2 / 変異: C40A, S59C, A67C, C82A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P11540
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50mM NaPO4 pH 6.5, 25% PEG 8K, 0.1M AmSO4 4uL protein at 10-15 mg/mL in H2O + 4uL motherliquor per hanging drop, over 1 mL motherliquor in well. cryoprotectant used before freezing was: 12.5% ...詳細: 50mM NaPO4 pH 6.5, 25% PEG 8K, 0.1M AmSO4 4uL protein at 10-15 mg/mL in H2O + 4uL motherliquor per hanging drop, over 1 mL motherliquor in well. cryoprotectant used before freezing was: 12.5% glycerol + 12.5% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92013 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月25日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) monochromator with horizontal theta-axis
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92013 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 110616 / % possible obs: 83.6 % / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 10.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.087 / Χ2: 0.614 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 1298292
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.2-1.223.60.63716490.6940.3510.7330.34925.2
1.22-1.244.40.59320900.7090.2870.6630.35232.2
1.24-1.2750.58827140.7620.2630.6490.36741.3
1.27-1.295.80.54834590.7860.2290.5990.3753.2
1.29-1.326.70.54843090.820.2160.5930.3865.8
1.32-1.357.90.52955380.8550.1930.5660.38584.9
1.35-1.399.60.50561750.8990.1680.5330.3994.8
1.39-1.4211.90.48763130.940.1450.5090.39696.2
1.42-1.4613.10.44563570.9590.1260.4630.41296.5
1.46-1.5113.60.37263230.9730.1040.3860.43196.8
1.51-1.5713.60.30163790.9820.0830.3130.44797.1
1.57-1.6313.50.25263970.9860.070.2620.46697.3
1.63-1.713.30.21164710.990.0590.2190.48197.6
1.7-1.7912.50.1764420.9910.050.1770.51397.8
1.79-1.912.70.12665020.9960.0360.1310.56898.1
1.9-2.0513.80.09465490.9980.0260.0980.64998.4
2.05-2.26140.07465310.9990.020.0770.73498.6
2.26-2.5913.70.06466580.9990.0180.0660.83298.9
2.59-3.2612.50.05267200.9990.0150.0541.02699.2
3.26-5013.20.04270400.9990.0120.0441.37599.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.62 Å35.59 Å
Translation5.62 Å35.59 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→35.59 Å / SU ML: 0.0844 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 15.6197
Rfactor反射数%反射
Rfree0.16 2000 1.81 %
Rwork0.1375 --
obs0.1379 110584 83.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 15.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→35.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3167 0 36 420 3623
Biso mean--20.94 27.97 -
残基数----394
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00493718
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8225126
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0832555
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038673
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.86952367
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.230.3286440.26242417X-RAY DIFFRACTION26.38
1.23-1.260.2976640.21123458X-RAY DIFFRACTION37.71
1.26-1.30.2407910.18334914X-RAY DIFFRACTION53.8
1.3-1.340.23421250.16666852X-RAY DIFFRACTION74.52
1.34-1.390.1881610.15188663X-RAY DIFFRACTION94.52
1.39-1.450.17191620.12658849X-RAY DIFFRACTION96.37
1.45-1.510.1551640.11228916X-RAY DIFFRACTION96.75
1.51-1.590.12361670.10359011X-RAY DIFFRACTION97.18
1.59-1.690.14871640.10828962X-RAY DIFFRACTION97.53
1.69-1.820.14981680.11959090X-RAY DIFFRACTION97.92
1.82-2.010.1441690.11959133X-RAY DIFFRACTION98.27
2.01-2.30.14321700.12939237X-RAY DIFFRACTION98.69
2.3-2.890.1621710.14989337X-RAY DIFFRACTION99.13
2.89-35.590.16161800.15069745X-RAY DIFFRACTION99.52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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