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Yorodumi- PDB-6pqk: Cryogenic crystal structure of barnase A43C/S80C bound to barstar... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6pqk | ||||||
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Title | Cryogenic crystal structure of barnase A43C/S80C bound to barstar C40A/S59C/A67C/C82A | ||||||
Components |
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Keywords | RNA BINDING PROTEIN / disulfide / Toxin-Antitoxin / complex / nuclease | ||||||
Function / homology | Function and homology information Hydrolases; Acting on ester bonds; Endoribonucleases producing 3'-phosphomonoesters / RNA endonuclease activity / RNA binding / extracellular region / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus amyloliquefaciens (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.2 Å | ||||||
Authors | Caro, J.A. / Djanto, V. / Wand, A.J. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Targeting conformational entropy to modulate binding affinity Authors: Caro, J.A. / Djanto, V. / Wand, A.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6pqk.cif.gz | 241.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6pqk.ent.gz | 167.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6pqk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/6pqk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/6pqk | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14522.065 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: A43C, S80C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus amyloliquefaciens (bacteria) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: P00648, Hydrolases; Acting on ester bonds; Endoribonucleases producing 3'-phosphomonoesters #2: Protein | Mass: 10336.739 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C40A, S59C, A67C, C82A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus amyloliquefaciens (bacteria) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P11540 #3: Chemical | ChemComp-PO4 / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 41.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 50mM NaPO4 pH 6.5, 25% PEG 8K, 0.1M AmSO4 4uL protein at 10-15 mg/mL in H2O + 4uL motherliquor per hanging drop, over 1 mL motherliquor in well. cryoprotectant used before freezing was: 12. ...Details: 50mM NaPO4 pH 6.5, 25% PEG 8K, 0.1M AmSO4 4uL protein at 10-15 mg/mL in H2O + 4uL motherliquor per hanging drop, over 1 mL motherliquor in well. cryoprotectant used before freezing was: 12.5% glycerol + 12.5% ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 17-ID-1 / Wavelength: 0.92013 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Apr 25, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) monochromator with horizontal theta-axis Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.92013 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.2→50 Å / Num. obs: 110616 / % possible obs: 83.6 % / Redundancy: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 10.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.087 / Χ2: 0.614 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 1298292 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.2→35.59 Å / SU ML: 0.0844 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 15.6197
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 15.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.2→35.59 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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