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- PDB-1k6f: Crystal Structure of the Collagen Triple Helix Model [(Pro-Pro-Gl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k6f
タイトルCrystal Structure of the Collagen Triple Helix Model [(Pro-Pro-Gly)10]3
要素collagen triple helix
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / collagen stability / puckering / amino acid preferences / triple helix
機能・相同性Saimiri transformation-associated protein / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / : / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / extracellular matrix organization / extracellular space / membrane / Saimiri transformation-associated protein
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / ARP/WARP / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Berisio, R. / Vitagliano, L. / Mazzarella, L. / Zagari, A.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the collagen triple helix model [(Pro-Pro-Gly)(10)](3)
著者: Berisio, R. / Vitagliano, L. / Mazzarella, L. / Zagari, A.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2001
タイトル: Preferred proline puckering in cis and trans peptide groups: implications for collagen stability
著者: Vitagliano, L. / Berisio, R. / Mastrangelo, A. / Mazzarella, L. / Zagari, A.
#2: ジャーナル: Biopolymers / 年: 2001
タイトル: Structural Bases of Collagen Stabilization Induced by Proline Hydroxylation
著者: Vitagliano, L. / Berisio, R. / Mazzarella, L. / Zagari, A.
#3: ジャーナル: Biopolymers / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure of a Collagen-Like Polypeptide with Repeating Sequence Pro-Hyp-Gly at 1.4 A Resolution: Implications for Collagen Hydration
著者: Berisio, R. / Vitagliano, L. / Mazzarella, L. / Zagari, A.
履歴
登録2001年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
Remark 999SEQUENCE An appropriate sequence database reference was not available at the time of processing.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: collagen triple helix
B: collagen triple helix
C: collagen triple helix
D: collagen triple helix
E: collagen triple helix
F: collagen triple helix


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1856
ポリマ－15,1856
非ポリマー00
水6,287349
1
A: collagen triple helix
B: collagen triple helix
C: collagen triple helix


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5923
ポリマ－7,5923
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4790 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area4720 Å2
手法PISA
2
D: collagen triple helix
E: collagen triple helix
F: collagen triple helix


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5923
ポリマ－7,5923
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4790 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area4720 Å2
手法PISA
3
A: collagen triple helix
B: collagen triple helix
C: collagen triple helix

D: collagen triple helix
E: collagen triple helix
F: collagen triple helix


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1856
ポリマ－15,1856
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-x+1/2,-y+2,z+1/21
Buried area10610 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area8410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.907, 26.357, 182.498
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
collagen triple helix


分子量: 2530.828 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THE PROTEIN WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. / 参照: UniProt: Q80BK4*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.82 %
結晶化温度: 294 K
手法: microdialysis carried out in microgravity conditions
pH: 5.6
詳細: HAc/NaAc, pH 5.6, microdialysis carried out in microgravity conditions, temperature 21K
結晶化
*PLUS
手法: microgravity conditions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15.0 mg/mlpolypeptide11
20.05 Macetic acid11
30.22 Msodium acetate11
410 %(v/v)PEG40011

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12941
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンELETTRA 5.2R10.9
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG BW7B20.87
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
20.871
反射Num. all: 29431 / Num. obs: 23121
反射
*PLUS
最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 15 Å / % possible obs: 88.3 % / Rmerge(I) obs: 0.09

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解析

ソフトウェア
名称分類
ARP/wARPモデル構築
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: ARP/WARP / 解像度: 1.3→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.297 1152 random
Rwork0.181 --
all0.226 29431 -
obs0.185 23121 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1056 0 0 352 1408
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.045
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.33 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.2978 1152
Rwork0.1813 -
obs-23121
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.056

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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