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万見
- PDB-1k61: MATALPHA2 HOMEODOMAIN BOUND TO DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k61
タイトルMATALPHA2 HOMEODOMAIN BOUND TO DNA
要素
  • 5'-D(*(5IU)P*GP*CP*GP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*G)-3'
  • 5'-D(*AP*CP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*CP*GP*C)-3'
  • Mating-type protein alpha-2
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / HOMEODOMAIN / HOOGSTEEN BASE PAIR / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


: / regulation of mating-type specific transcription, DNA-templated / RNA polymerase II transcription repressor complex / DNA binding, bending / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Mating-type protein ALPHA2 / Mating-type protein ALPHA2
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / 多重同系置換, 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Aishima, J. / Gitti, R.K. / Noah, J.E. / Gan, H.H. / Schlick, T. / Wolberger, C.
引用ジャーナル: NUCLEIC ACIDS RES. / 年: 2002
タイトル: A Hoogsteen base pair embedded in undistorted B-DNA
著者: Aishima, J. / Gitti, R.K. / Noah, J.E. / Gan, H.H. / Schlick, T. / Wolberger, C.
履歴
登録2001年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: 5'-D(*AP*CP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*CP*GP*C)-3'
F: 5'-D(*(5IU)P*GP*CP*GP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*G)-3'
A: Mating-type protein alpha-2
B: Mating-type protein alpha-2
C: Mating-type protein alpha-2
D: Mating-type protein alpha-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0966
ポリマ－42,0966
非ポリマー00
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.940, 70.240, 68.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*CP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*CP*GP*C)-3'


分子量: 6381.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence is derived from the STE6 promoter region, with the MCM1 binding sites removed.
#2: DNA鎖 5'-D(*(5IU)P*GP*CP*GP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*G)-3'


分子量: 6613.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence is derived from the STE6 promoter region, with the MCM1 binding sites removed.
#3: タンパク質
Mating-type protein alpha-2 / Alpha-2 repressor


分子量: 7275.384 Da / 分子数: 4 / Fragment: RESIDUES 132-191, HOMEODOMAIN / 由来タイプ: 合成
詳細: The sequence naturally occurs in yeast. The protein was synthesized by the FMOC method.
参照: UniProt: P01367, UniProt: P0CY08*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: PEG 6000, Bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 600011
2Bicine11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月24日 / 詳細: Yale mirrors
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→16 Å / Num. all: 23364 / Num. obs: 23014 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.07 % / Biso Wilson estimate: 33.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.287 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2897 / % possible all: 81
反射
*PLUS
最低解像度: 16 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換, 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1APL

1apl


解像度: 2.1→16.01 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 23852424.02 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: Refinement Target values for the DNA as described in: G.Parkinson, J.Vojtechovsky, L.Clowney, A.T.Brunger, H.M.Berman, New Parameters for the Refinement of Nucleic Acid Containing Structures, ...詳細: Refinement Target values for the DNA as described in: G.Parkinson, J.Vojtechovsky, L.Clowney, A.T.Brunger, H.M.Berman, New Parameters for the Refinement of Nucleic Acid Containing Structures, Acta Cryst. D, 52, 57-64 (1996). Modified for 5-iodouracil residue.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1976 9.8 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.221 20065 96.6 %-
all-20799 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.8193 Å2 / ksol: 0.327842 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.33 Å20 Å24.57 Å2
2---1.09 Å20 Å2
3----6.23 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.28 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→16.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1911 854 1 195 2961
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.11
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.41.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.192
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.932
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.712.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 312 9.7 %
Rwork0.26 2921 -
obs--93.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2I_DNA-RNA.PARAMI_DNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / Rfactor Rfree: 0.278 / Rfactor Rwork: 0.222
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg17.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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