[日本語] English
万見
- PDB-1mnm: YEAST MATALPHA2/MCM1/DNA TERNARY TRANSCRIPTION COMPLEX CRYSTAL ST... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mnm
タイトルYEAST MATALPHA2/MCM1/DNA TERNARY TRANSCRIPTION COMPLEX CRYSTAL STRUCTURE
要素
  • (DNA (STE6 OPERATOR DNA)) x 2
  • PROTEIN (MAT ALPHA-2 TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR)
  • PROTEIN (MCM1 TRANSCRIPTIONAL REGULATOR)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION REGULATION / TRANSCRIPTIONAL REPRESSION / DNA-BINDING PROTEIN / COMPLEX (TRANSCRIPTION-HOMEOBOX-DNA) / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding, bending / positive regulation of arginine biosynthetic process / NGF-stimulated transcription / regulation of mating type switching / negative regulation of arginine catabolic process / : / regulation of mating-type specific transcription, DNA-templated / regulation of arginine metabolic process / RNA polymerase II transcription repressor complex / arginine metabolic process ...RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding, bending / positive regulation of arginine biosynthetic process / NGF-stimulated transcription / regulation of mating type switching / negative regulation of arginine catabolic process / : / regulation of mating-type specific transcription, DNA-templated / regulation of arginine metabolic process / RNA polymerase II transcription repressor complex / arginine metabolic process / DNA binding, bending / molecular sequestering activity / DNA replication origin binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II transcription regulator complex / G2/M transition of mitotic cell cycle / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
MADS SRF-like / : / SRF-like / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box superfamily / SRF-type transcription factor (DNA-binding and dimerisation domain) / MADS-box domain signature. / MADS-box domain profile. / MADS ...MADS SRF-like / : / SRF-like / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box superfamily / SRF-type transcription factor (DNA-binding and dimerisation domain) / MADS-box domain signature. / MADS-box domain profile. / MADS / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Mating-type protein ALPHA2 / Pheromone receptor transcription factor / Silenced mating-type protein ALPHA2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Tan, S. / Richmond, T.J.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of the yeast MATalpha2/MCM1/DNA ternary complex.
著者: Tan, S. / Richmond, T.J.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: Structure of Serum Response Factor Core Bound to DNA
著者: Pellegrini, L. / Tan, S. / Richmond, T.J.
#2: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1991
タイトル: Crystal Structure of a MAT Alpha 2 Homeodomain-Operator Complex Suggests a General Model for Homeodomain-DNA Interactions
著者: Wolberger, C. / Vershon, A.K. / Liu, B. / Johnson, A.D. / Pabo, C.O.
履歴
登録1997年11月3日処理サイト: NDB
改定 1.01998年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月15日Group: Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.42023年8月2日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
E: DNA (STE6 OPERATOR DNA)
F: DNA (STE6 OPERATOR DNA)
A: PROTEIN (MCM1 TRANSCRIPTIONAL REGULATOR)
B: PROTEIN (MCM1 TRANSCRIPTIONAL REGULATOR)
C: PROTEIN (MAT ALPHA-2 TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR)
D: PROTEIN (MAT ALPHA-2 TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4476
ポリマ－59,4476
非ポリマー00
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.620, 72.550, 150.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (STE6 OPERATOR DNA)


分子量: 8019.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (STE6 OPERATOR DNA)


分子量: 7952.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質 PROTEIN (MCM1 TRANSCRIPTIONAL REGULATOR) / PHEROMONE RECEPTOR TRANSCRIPTION FACTOR


分子量: 11422.067 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 1 - 100 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / キーワード: FRAGMENT: RESIDUES 1 - 100 / 参照: UniProt: P11746
#4: タンパク質 PROTEIN (MAT ALPHA-2 TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR) / MATING-TYPE PROTEIN ALPHA-2


分子量: 10315.832 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 113 - 189 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / キーワード: FRAGMENT: RESIDUES 113 - 189 / 参照: UniProt: Q6B2C0, UniProt: P0CY08*PLUS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.75 %
解説: ADDITIONAL LOW RESOLUTION DATA SET COLLECTED USING ROTATING ANODE GENERATOR.
結晶化pH: 5.5 / 詳細: pH 5.50
結晶化
*PLUS
手法: unknown

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.25→20 Å / Num. obs: 35613 / % possible obs: 94.6 % / Biso Wilson estimate: 38.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / Rmerge(I) obs: 0.364 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 0.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2.25 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 94.6 % / Num. measured all: 327727
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.25 Å / 最低解像度: 2.29 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.843精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SRS AND PDB ENTRY 1APL

1srs

1apl


解像度: 2.25→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.7 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED IN X-PLOR. TNT REFINEMENT PACKAGE ALSO USED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 1846 5 %RANDOM
Rwork0.24 ---
obs0.24 3670598 98.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.65 Å20 Å20 Å2
2---2.1 Å20 Å2
3----0.55 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2544 1060 0 53 3657
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d19.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.21
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.231.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it5.062
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.592
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it6.432.5
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 313 5.2 %
Rwork0.359 5718 -
obs--98.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.SOLTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.25 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. reflection obs: 34859 / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.24 / Rfactor Rwork: 0.24
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 52.5 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg19.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.21
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.231.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.592
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it5.062
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it6.432.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.36 / % reflection Rfree: 5.2 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る