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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k57 | ||||||
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タイトル | OXA 10 class D beta-lactamase at pH 6.0 | ||||||
![]() | (BETA LACTAMASE OXA-10) x 2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / beta-lactamase / antibiotic resistance / carbamylation | ||||||
機能・相同性 | ![]() penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Golemi, D. / Maveyraud, L. / Vakulenko, S. / Samama, J.P. / Mobashery, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Critical involvement of a carbamylated lysine in catalytic function of class D beta-lactamases. 著者: Golemi, D. / Maveyraud, L. / Vakulenko, S. / Samama, J.P. / Mobashery, S. #1: ![]() タイトル: Insights into class D beta-lactamases are revealed by the crystal structure of the OXA10 enzyme from Pseudomonas aeruginosa 著者: Maveyraud, L. / Golemi, D. / Kotra, L.P. / Tranier, S. / Vakulenko, S. / Mobashery, S. / Samama, J.P. #2: ![]() タイトル: The first structural and mechanistic insights for class D beta-lactamases: evidence for a novel catalytic process for turnover of beta-lactam antibiotic 著者: Golemi, D. / Maveyraud, L. / Vakulenko, S. / Tranier, S. / Ishiwata, A. / Kotra, L.P. / Samama, J.P. / Mobashery, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 212.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 169.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 473.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 488.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 43 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 61.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | the biological assembly is a dimer. There are two dimers in the asymmetric unit: chains A and C form a dimer chains B and D form a dimer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27567.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Residue 70, KCX, is CARBAMYLATED LYSINE / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 27524.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Residue 70, LYS, is not CARBAMYLATED / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.42 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: ammonium sulfate, HEPES. Crystallization occured at pH 7.5. After obtaining the crystal, the pH was lowered to 6.0 for data collection., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月4日 |
放射 | モノクロメーター: Germanium Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→33.77 Å / Num. all: 84615 / Num. obs: 84615 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 11824 / Rsym value: 0.404 / % possible all: 94 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 215405 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 2 Å / % possible obs: 94 % / Num. unique obs: 11824 / Num. measured obs: 26849 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1e4d 解像度: 1.9→33.77 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: engh & huber 詳細: In chains A and B, residue 70 is KCX, a carbamylated lysine. In chains C and D, residue 70 is a lysine and is not carbamylated.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 19.764 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→33.77 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 2 % / Rfactor obs: 0.17941 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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