PDB-1jyc: CONCANAVALIN A/15-mer PEPTIDE COMPLEX

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1jyc

タイトル

CONCANAVALIN A/15-mer PEPTIDE COMPLEX

要素

15-mer peptide
Concanavalin-Br

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / LECTIN

機能・相同性

機能・相同性情報

D-mannose binding / toxin activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Jain, D. / Kaur, K.J. / Salunke, D.M.

引用

ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2001
タイトル: Plasticity in Protein-Peptide Recognition: Crystal Structures of Two Different Peptides Bound to Concanavalin A
著者: Jain, D. / Kaur, K.J. / Salunke, D.M.

履歴

登録	2001年9月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年6月21日	Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_nat / pdbx_entity_src_syn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num ..._entity.pdbx_description / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.4	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1jyc.cif.gz	191.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1jyc.ent.gz	155.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1jyc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1jyc_validation.pdf.gz	413.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1jyc_full_validation.pdf.gz	457.8 KB	表示
XML形式データ	1jyc_validation.xml.gz	26.7 KB	表示
CIF形式データ	1jyc_validation.cif.gz	40.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/1jyc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/1jyc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1juiC 5cnaS 1joj 1jyi C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1jyi-1 1jui-2 5tg3-d 1cjp-d 3rs6-1 1jw6-1 4mye-1 1qmo-d 1val-d 3d4k-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (6) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Concanavalin-Br

B: Concanavalin-Br

C: Concanavalin-Br

D: Concanavalin-Br

P: 15-mer peptide

Q: 15-mer peptide

R: 15-mer peptide

S: 15-mer peptide

ヘテロ分子

110 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Concanavalin-Br

B: Concanavalin-Br

P: 15-mer peptide

Q: 15-mer peptide

ヘテロ分子

A: Concanavalin-Br

B: Concanavalin-Br

P: 15-mer peptide

Q: 15-mer peptide

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
110 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Concanavalin-Br

D: Concanavalin-Br

R: 15-mer peptide

S: 15-mer peptide

ヘテロ分子

C: Concanavalin-Br

D: Concanavalin-Br

R: 15-mer peptide

S: 15-mer peptide

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
110 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.113, 118.547, 254.994
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Concanavalin-Br / Con Br / Concanavalin A 分子量: 25622.385 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canavalia ensiformis (タチナタマメ) / 参照: UniProt: P55915
#2: タンパク質・ペプチド	15-mer peptide 分子量: 1707.862 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.47 %

-
データ収集

放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	最高解像度: 2.75 Å / % possible obs: 78.2 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 6.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
AMoRE		位相決定
CNS	0.5	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

開始モデル: 5cna

5cna

解像度: 2.75→10 Å / σ(F): 0

	R_factor	反射数
R_free	0.24	-
R_work	0.195	-
all	-	31696
obs	-	31696

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7710	0	8	258	7976

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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