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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jwz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of TEM-64 beta-lactamase in complex with a boronic acid inhibitor (105) | ||||||
要素 | Beta-lactamase TEM | ||||||
キーワード | HYDROLASE / tem-64 / beta-lactamase / serine hydrolase / evolution / antibiotic resistance | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, X. / Minasov, G. / Shoichet, B.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 タイトル: Evolution of an antibiotic resistance enzyme constrained by stability and activity trade-offs. 著者: Wang, X. / Minasov, G. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jwz.cif.gz | 73.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jwz.ent.gz | 52.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jwz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/1jwz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/1jwz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28841.854 Da / 分子数: 1 / 断片: TEM-64 / 変異: E104K/M182T/R164S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bla / プラスミド: pAiter EX II / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SF120 / 参照: UniProt: P62593, beta-lactamase |
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#2: 化合物 | ChemComp-105 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.32 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: sodium-potassium phosphate buffer, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年7月5日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 25091 / Num. obs: 25031 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 26.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 42.16 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 2445 / % possible all: 99.9 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.9 % / Num. unique obs: 2445 / Rmerge(I) obs: 0.28 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1BTL 解像度: 1.8→19 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Crystallographic conjugate gradient minimization refinement using maximum likelihood target for amplitudes
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原子変位パラメータ | Biso mean: 19.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Total num. of bins used: 10
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.168 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.237 |