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- PDB-1jps: Crystal structure of tissue factor in complex with humanized Fab D3h44 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jps
タイトルCrystal structure of tissue factor in complex with humanized Fab D3h44
要素
  • immunoglobulin Fab D3H44, heavy chain
  • immunoglobulin Fab D3H44, light chain
  • tissue factor
キーワードIMMUNE SYSTEM / antigen-antibody recognition / humanized antibody / blood coagulation / interface water molecules
機能・相同性
機能・相同性情報


activation of blood coagulation via clotting cascade / activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / serine-type peptidase complex / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / NGF-stimulated transcription / positive regulation of positive chemotaxis / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / cytokine receptor activity / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of endothelial cell proliferation ...activation of blood coagulation via clotting cascade / activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / serine-type peptidase complex / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / NGF-stimulated transcription / positive regulation of positive chemotaxis / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / cytokine receptor activity / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of interleukin-8 production / protein processing / phospholipid binding / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of angiogenesis / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / blood coagulation / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / cell surface / extracellular space / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tissue factor / Tissue factor, conserved site / Tissue factor signature. / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / Tissue factor / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold ...Tissue factor / Tissue factor, conserved site / Tissue factor signature. / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / Tissue factor / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Faelber, K. / Kirchhofer, D. / Presta, L. / Kelley, R.F. / Muller, Y.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: The 1.85 A resolution crystal structures of tissue factor in complex with humanized Fab D3h44 and of free humanized Fab D3h44: revisiting the solvation of antigen combining sites.
著者: Faelber, K. / Kirchhofer, D. / Presta, L. / Kelley, R.F. / Muller, Y.A.
#1: ジャーナル: THROMB.HAEMOST. / 年: 2001
タイトル: Generation of a humanized, high affinity anti-tissue factor antibody for use as a novel antithrombotic therapeutic
著者: Presta, L. / Sims, P. / Meng, Y.G. / Moran, P. / Bullens, S. / Bunting, S. / Schoenfeld, J. / Lowe, D. / Lai, J. / Rancatore, P. / Iverson, M. / Lim, A. / Chisholm, V. / Kelley, R.F. / ...著者: Presta, L. / Sims, P. / Meng, Y.G. / Moran, P. / Bullens, S. / Bunting, S. / Schoenfeld, J. / Lowe, D. / Lai, J. / Rancatore, P. / Iverson, M. / Lim, A. / Chisholm, V. / Kelley, R.F. / Riederer, M. / Kirchhofer, D.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: The crystal structure of the extracellulare domain of human tissue factor refined to 1.7 A resolution
著者: Muller, Y.A. / Ultsch, M.H. / de Vos, A.M.
履歴
登録2001年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: immunoglobulin Fab D3H44, light chain
H: immunoglobulin Fab D3H44, heavy chain
T: tissue factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3933
ポリマ－72,3933
非ポリマー00
水10,431579
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.25, 93.28, 110.01
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 immunoglobulin Fab D3H44, light chain


分子量: 23523.107 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pEMX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 immunoglobulin Fab D3H44, heavy chain


分子量: 24043.805 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pEMX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 tissue factor


分子量: 24826.512 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pEMX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13726
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 579 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.78 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 6000, sodium chloride, sodium-HEPES buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
112 mg/mlprotein1drop
220 mMHEPES1droppH7.5
30.01 %(w/v)1dropNaN3
411 %PEG60001reservoir
52.0 M1reservoirNaCl
60.1 MHEPES1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8428 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年5月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: triangular monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8428 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→40 Å / Num. all: 73056 / Num. obs: 73056 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 30.1 Å2 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.85→1.96 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 11059 / Rsym value: 0.27 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
XDSデータ削減
AMoRE位相決定
CNS1精密化
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AHW

1ahw


解像度: 1.85→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 5275 7.2207 %random
Rwork0.201 ---
all-73054 --
obs-73054 96.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.352 Å20 Å20 Å2
2--3.94 Å20 Å2
3---0.413 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4861 0 0 579 5440
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.64
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 850 -
Rwork0.256 --
obs-11964 97.5 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Num. reflection obs: 67779 / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7.221 % / Rfactor obs: 0.201 / Rfactor Rfree: 0.225
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 29.2 Å2
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.278 / Rfactor Rwork: 0.256

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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