[日本語] English
万見
- PDB-3ux9: Structural insights into a human anti-IFN antibody exerting thera... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ux9
タイトルStructural insights into a human anti-IFN antibody exerting therapeutic potential for systemic lupus erythematosus
要素
  • Interferon alpha-1/13
  • ScFv antibody
キーワードCYTOKINE/IMMUNE SYSTEM / five helices / long loop connecting helix / hydrophobic interactions / CYTOKINE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


type I interferon receptor binding / B cell activation involved in immune response / natural killer cell activation involved in immune response / T cell activation involved in immune response / TRAF6 mediated IRF7 activation / type I interferon-mediated signaling pathway / response to exogenous dsRNA / Regulation of IFNA/IFNB signaling / humoral immune response / cytokine activity ...type I interferon receptor binding / B cell activation involved in immune response / natural killer cell activation involved in immune response / T cell activation involved in immune response / TRAF6 mediated IRF7 activation / type I interferon-mediated signaling pathway / response to exogenous dsRNA / Regulation of IFNA/IFNB signaling / humoral immune response / cytokine activity / Evasion by RSV of host interferon responses / cellular response to virus / Interferon alpha/beta signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / defense response to virus / adaptive immune response / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interferon alpha, beta and delta family signature. / Interferon alpha, beta and delta. / Interferon alpha/beta/delta / Interferon alpha/beta domain / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like ...Interferon alpha, beta and delta family signature. / Interferon alpha, beta and delta. / Interferon alpha/beta/delta / Interferon alpha/beta domain / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon alpha-1/13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ouyang, S. / Zhao, L.X. / Liang, W. / Shaw, N. / Liu, Z.-J. / Liang, M.-F.
引用ジャーナル: J.Mol.Med. / 年: 2012
タイトル: Structural insights into a human anti-IFN antibody exerting therapeutic potential for systemic lupus erythematosus
著者: Ouyang, S. / Gong, B. / Li, J.-Z. / Zhao, L.-X. / Wu, W. / Zhang, F.-S. / Sun, L. / Wang, S.-J. / Pan, M. / Li, C. / Liang, W. / Shaw, N. / Zheng, J. / Zhao, G.-P. / Wang, Y. / Liu, Z.-J. / Liang, M.-F.
履歴
登録2011年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Interferon alpha-1/13
B: ScFv antibody
C: Interferon alpha-1/13
D: ScFv antibody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,9954
ポリマ－93,9954
非ポリマー00
水72140
1
A: Interferon alpha-1/13
B: ScFv antibody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9972
ポリマ－46,9972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area15970 Å2
手法PISA
2
C: Interferon alpha-1/13
D: ScFv antibody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9972
ポリマ－46,9972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1750 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area15680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)236.225, 91.945, 43.633
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.75, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Interferon alpha-1/13 / interferon 1b / IFN-alpha-1/13 / Interferon alpha-D / LeIF D


分子量: 19681.389 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFNA1, IFNA13 / プラスミド: pMCSG 7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P01562
#2: 抗体 ScFv antibody


分子量: 27315.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: fully synthetic human antibody phage display library
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET-22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.49 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: magnesium acetate, 0.1M Tris (pH 8.5), 12% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. all: 21650 / Num. obs: 21650 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 5.9 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 37.19 Å2
反射 シェル解像度: 2.75→2.82 Å / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
BALBES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→41.54 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8132 / SU ML: 0.36 / σ(F): 0.2 / 位相誤差: 25.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2429 1085 5.01 %RANDOM
Rwork0.1832 ---
all0.1862 21650 --
obs0.1862 21650 94.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.373 Å2 / ksol: 0.314 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 191.69 Å2 / Biso mean: 62.0144 Å2 / Biso min: 15.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.2059 Å2-0 Å2-3.7768 Å2
2---14.3791 Å20 Å2
3----8.7382 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→41.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5579 0 0 40 5619
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0125695
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.37702
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.8332019
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.105852
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005991
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8001-2.92750.30961260.2389233786
2.9275-3.08180.29171180.2185242190
3.0818-3.27480.25941350.2039251294
3.2748-3.52750.24521390.1965256996
3.5275-3.88230.26061380.1837263898
3.8823-4.44350.21931430.1475267298
4.4435-5.59620.19691410.1425266899
5.5962-41.54440.21221450.177274899

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る