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万見
- PDB-4k25: Crystal Structure of yeast Qri7 homodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k25
タイトルCrystal Structure of yeast Qri7 homodimer
要素Probable tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein QRI7, mitochondrial
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / ASKHA-fold / N6-threonylcarbamoylation enzyme / RNA and metabolite binding / mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase activity / nucleotidase activity / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / tRNA binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, TsaD / Peptidase M22, conserved site / Glycoprotease family signature. / Kae1/TsaD family / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Neculai, D. / Wan, L. / Mao, D.Y. / Sicheri, F.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Reconstitution and characterization of eukaryotic N6-threonylcarbamoylation of tRNA using a minimal enzyme system.
著者: Wan, L.C. / Mao, D.Y. / Neculai, D. / Strecker, J. / Chiovitti, D. / Kurinov, I. / Poda, G. / Thevakumaran, N. / Yuan, F. / Szilard, R.K. / Lissina, E. / Nislow, C. / Caudy, A.A. / Durocher, D. / Sicheri, F.
履歴
登録2013年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein QRI7, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0953
ポリマ－42,9901
非ポリマー1052
水00
1
A: Probable tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein QRI7, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Probable tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein QRI7, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,1906
ポリマ－85,9792
非ポリマー2114
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
Buried area2420 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area30050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.597, 130.983, 47.866
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two-fold axis: -X, -Y, Z + (1 0 0)

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要素

#1: タンパク質 Probable tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein QRI7, mitochondrial / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein QRI7


分子量: 42989.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: QRI7, YDL104C, D2366 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43122
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.77 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Tris, 8% PEG8000, 0.2M magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月20日
放射モノクロメーター: Si (220), Si (311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→20.58 Å / Num. all: 17164 / Num. obs: 9434 / % possible obs: 55 % / Observed criterion σ(F): 2.54 / Observed criterion σ(I): 2.54 / Biso Wilson estimate: 77.86 Å2
反射 シェル解像度: 2.88→2.98 Å / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXD位相決定
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.88→20.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9059 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8745 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3.3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2947 947 10.04 %RANDOM
Rwork0.2401 ---
obs0.2456 9434 --
all-17164 --
原子変位パラメータBiso mean: 81.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.3918 Å20 Å20 Å2
2--9.4455 Å20 Å2
3----1.0536 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.625 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.88→20.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2698 0 2 0 2700
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0082749HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.13725HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d943SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes65HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes402HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2749HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion372SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3010SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.03
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.74
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.24 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3186 288 10.89 %
Rwork0.2755 2357 -
all0.2802 2645 -
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 46.0749 Å / Origin y: 17.508 Å / Origin z: 24.6981 Å
111213212223313233
T0.4964 Å2-0.1017 Å20.1908 Å2-0.1116 Å2-0.1206 Å2--0.0212 Å2
L1.6121 °2-2.7586 °21.3218 °2-7.9538 °2-1.9238 °2--3.4731 °2
S-0.0837 Å °0.1145 Å °-0.134 Å °0.3287 Å °-0.0687 Å °0.2469 Å °-0.2372 Å °0.0716 Å °0.1525 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|33 - A|602 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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