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- PDB-1jpl: GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-ind... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jpl
タイトルGGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor
要素
  • ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3
  • Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / Protein-peptide complex / VHS domain / DXXLL sorting signal
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin coat / positive regulation of lysosomal protein catabolic process / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / response to tetrachloromethane / retromer complex binding / insulin-like growth factor binding / protein transporter activity / Golgi to plasma membrane transport / insulin-like growth factor II binding / protein targeting to lysosome ...clathrin coat / positive regulation of lysosomal protein catabolic process / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / response to tetrachloromethane / retromer complex binding / insulin-like growth factor binding / protein transporter activity / Golgi to plasma membrane transport / insulin-like growth factor II binding / protein targeting to lysosome / trans-Golgi network transport vesicle / host-mediated activation of viral process / Golgi to plasma membrane protein transport / MET receptor recycling / retinoic acid binding / endocytic recycling / TBC/RABGAPs / protein localization to cell surface / lysosomal transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / nuclear envelope lumen / negative regulation of amyloid-beta formation / D-mannose binding / insulin-like growth factor receptor activity / endocytic vesicle / G-protein alpha-subunit binding / animal organ regeneration / response to retinoic acid / transport vesicle / phosphatidylinositol binding / receptor-mediated endocytosis / secretory granule membrane / ubiquitin binding / trans-Golgi network membrane / post-embryonic development / phosphoprotein binding / intracellular protein transport / trans-Golgi network / protein catabolic process / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / liver development / protein destabilization / regulation of protein stability / small GTPase binding / recycling endosome membrane / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / late endosome / Clathrin-mediated endocytosis / signaling receptor activity / early endosome membrane / spermatogenesis / early endosome / lysosome / endosome membrane / endosome / positive regulation of apoptotic process / G protein-coupled receptor signaling pathway / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / cell surface / Golgi apparatus / signal transduction / protein-containing complex / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GGA3, GAT domain / : / ADP-ribosylation factor-binding protein GGA3 / N-terminal extension of GAT domain / N-terminal extension of GAT domain / GAT domain / GAT domain superfamily / GAT domain / GAT domain profile. / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat ...GGA3, GAT domain / : / ADP-ribosylation factor-binding protein GGA3 / N-terminal extension of GAT domain / N-terminal extension of GAT domain / GAT domain / GAT domain superfamily / GAT domain / GAT domain profile. / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / VHS domain / VHS domain / VHS domain profile. / Domain present in VPS-27, Hrs and STAM / Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Gamma-adaptin ear (GAE) domain profile. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #90 / Mannose-6-phosphate receptor binding domain superfamily / MRH domain / MRH domain profile. / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / ENTH/VHS / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Kringle-like fold / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cation-independent mannose-6-phosphate receptor / ADP-ribosylation factor-binding protein GGA3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Misra, S. / Puertollano, R. / Bonifacino, J.S. / Hurley, J.H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2002
タイトル: Structural basis for acidic-cluster-dileucine sorting-signal recognition by VHS domains.
著者: Misra, S. / Puertollano, R. / Kato, Y. / Bonifacino, J.S. / Hurley, J.H.
履歴
登録2001年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 300BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF ...BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 8 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). The authors have gel filtration and analytical ultracentrifugation data that suggest that the asymmetric unit contains 4 biological units (chains A/E, B/F, C/G, D/H). The authors think the apparent dimer in the crystal is due to crystallization.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3
E: Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor
B: ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3
F: Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor
C: ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3
G: Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor
D: ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3
H: Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,6988
ポリマ－84,6988
非ポリマー00
水4,270237
1
A: ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3
E: Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1742
ポリマ－21,1742
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area9010 Å2
手法PISA
2
B: ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3
F: Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1742
ポリマ－21,1742
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area8890 Å2
手法PISA
3
C: ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3
G: Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1742
ポリマ－21,1742
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1060 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area9090 Å2
手法PISA
4
D: ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3
H: Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1742
ポリマ－21,1742
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area9050 Å2
手法PISA
5
A: ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3
E: Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor
B: ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3
F: Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor

C: ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3
G: Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor
D: ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3
H: Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,6988
ポリマ－84,6988
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_647-x+3/2,y-1/2,-z+21
Buried area10380 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area29980 Å2
手法PISA
6
A: ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3
E: Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor
B: ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3
F: Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor

C: ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3
G: Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor
D: ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3
H: Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,6988
ポリマ－84,6988
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area9780 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area30570 Å2
手法PISA
7
A: ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3
E: Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor
B: ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3
F: Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor

C: ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3
G: Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor
D: ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3
H: Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,6988
ポリマ－84,6988
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_457x-1/2,-y+1/2,-z+21
Buried area9280 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area31070 Å2
手法PISA
8
A: ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3
E: Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor
B: ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3
F: Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor

C: ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3
G: Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor
D: ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3
H: Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,6988
ポリマ－84,6988
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_664-x+1,-y+1,z-11
Buried area9250 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area31100 Å2
手法PISA
9
C: ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3
G: Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor
D: ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3
H: Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3494
ポリマ－42,3494
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area15890 Å2
手法PISA
10
A: ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3
E: Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor
B: ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3
F: Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3494
ポリマ－42,3494
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area15640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.300, 125.300, 64.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3


分子量: 19716.924 Da / 分子数: 4 / 断片: VHS domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GGA3 / プラスミド: pHis-parallel2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NZ52
#2: タンパク質・ペプチド
Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor


分子量: 1457.499 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal peptide / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was chemically synthesized. / 参照: UniProt: P11717
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.6
詳細: 1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
PH range low: 11 / PH range high: 10.2
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
112 mg/mlprotein1drop
21.5 mMpeptide1drop
3100 mMCAPS1reservoirpH10.2-11.0
4200 mM1reservoirLi2SO4
51.33-2 Msodium potassium phospahte1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.97900, 0.97938, 0.95369
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月1日
放射モノクロメーター: Focused Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.979381
30.953691
反射解像度: 2.4→99 Å / Num. all: 34965 / Num. obs: 34790 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 26.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.303 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique all: 3381 / % possible all: 99.3
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.078
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.3 % / Num. unique obs: 3381

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→35.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 253695.9 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 6184 10 %RANDOM
Rwork0.213 ---
all-62036 --
obs-62036 93.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.8533 Å2 / ksol: 0.371704 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.29 Å20 Å20 Å2
2--3.11 Å20 Å2
3---5.18 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.34 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→35.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5418 0 0 237 5655
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.371.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.32
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.292
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.472.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 914 9.8 %
Rwork0.263 8388 -
obs-9302 84.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 35 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.214 / Rfactor Rfree: 0.258
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 38.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.371.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.292
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.32
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.472.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.311 / % reflection Rfree: 9.8 % / Rfactor Rwork: 0.263 / Rfactor obs: 0.262

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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