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万見
- PDB-1jls: STRUCTURE OF THE URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE URACIL/CPR 2 MU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jls
タイトルSTRUCTURE OF THE URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE URACIL/CPR 2 MUTANT C128V
要素Uracil phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE / UPRTASE / ternary complex / UPRT-cprpp-uracil
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil phosphoribosyltransferase / uracil phosphoribosyltransferase activity / UMP salvage / GTP binding
類似検索 - 分子機能
Uracil phosphoribosyltransferase / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Chem-PRP / URACIL / Uracil phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Bashor, C.J. / Otsu, K. / Zu, S. / Parry, R. / Ullman, B. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: The structural mechanism of GTP stabilized oligomerization and catalytic activation of the Toxoplasma gondii uracil phosphoribosyltransferase.
著者: Schumacher, M.A. / Bashor, C.J. / Song, M.H. / Otsu, K. / Zhu, S. / Parry, R.J. / Ullman, B. / Brennan, R.G.
履歴
登録2001年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52021年10月27日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Uracil phosphoribosyltransferase
A: Uracil phosphoribosyltransferase
D: Uracil phosphoribosyltransferase
C: Uracil phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,95019
ポリマ－110,2334
非ポリマー1,71715
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16860 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area34050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.400, 111.400, 71.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 BADC

#1: タンパク質
Uracil phosphoribosyltransferase


分子量: 27558.246 Da / 分子数: 4 / 変異: C128V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
プラスミド: pBACE / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q26998, uracil phosphoribosyltransferase
#5: 糖 ChemComp-PRP / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / ALPHA-PHOSPHORIBOSYLPYROPHOSPHORIC ACID / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribose / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-D-ribose / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-ribose / PRPP


タイプ: D-saccharide / 分子量: 390.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H13O14P3
識別子タイププログラム
a-D-Ribf1PO35PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 132分子

#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-URA / URACIL / ウラシル


分子量: 112.087 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4N2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.13 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: NaCl, citrate/phosphate buffer, PEG 3400, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 4.7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.2 M1reservoirNaCl
215 mMsodium citrate/phosphate1reservoirpH4.7
310 %PEG34001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年4月23日 / 詳細: yale mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→60 Å / Num. obs: 32692 / % possible obs: 84.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 21.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.265 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 4008 / Rsym value: 0.265 / % possible all: 56
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 60 Å / Num. measured all: 99823
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MERLOT位相決定
CNS1精密化
bioteXデータ削減
bioteXデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BD3

1bd3


解像度: 2.5→60.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1115798.58 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 3240 9.9 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs-32692 84.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 89.708 Å2 / ksol: 0.342656 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 58.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.91 Å20 Å22.09 Å2
2---12.97 Å20 Å2
3---12.06 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.67 Å0.61 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→60.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7068 0 100 118 7286
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.01
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.409 413 9.9 %
Rwork0.372 3760 -
obs--64.9 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 60 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.225 / Rfactor Rfree: 0.265
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 58.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.18
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.01
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.409 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor Rwork: 0.372

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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