PDB-6nqq: Crystal structure of fast switching M159T mutant of fluorescent p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nqq

タイトル

Crystal structure of fast switching M159T mutant of fluorescent protein Dronpa (Dronpa2), Y63(2,3,5-F3Y)

要素

Fluorescent protein Dronpa

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / Dronpa2

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Echinophyllia sp. SC22 (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Lin, C.-Y. / Romei, M.G. / Mathews, I.I. / Boxer, S.G.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	27738	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	118044	米国

引用

ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Electrostatic control of photoisomerization pathways in proteins.
著者: Romei, M.G. / Lin, C.Y. / Mathews, I.I. / Boxer, S.G.

履歴

登録	2019年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年1月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.4	2020年2月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.5	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nqq.cif.gz	708.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nqq.ent.gz	595.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nqq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6nqq_validation.pdf.gz	533.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nqq_full_validation.pdf.gz	609 KB	表示
XML形式データ	6nqq_validation.xml.gz	74.9 KB	表示
CIF形式データ	6nqq_validation.cif.gz	94.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/6nqq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/6nqq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6nqjC 6nqkC 6nqlC 6nqnC 6nqoC 6nqpC 6nqrC 6nqsC 6nqvC 4utsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6nqo-2 6nqs-1 6nqs-2 6nqn-2 6nqr-2 6nqj-d 4ppj-d 2gx0-d 6nqn-1 1ggx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (4) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Fluorescent protein Dronpa

B: Fluorescent protein Dronpa

C: Fluorescent protein Dronpa

D: Fluorescent protein Dronpa

E: Fluorescent protein Dronpa

F: Fluorescent protein Dronpa

G: Fluorescent protein Dronpa

H: Fluorescent protein Dronpa

232 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Fluorescent protein Dronpa

G: Fluorescent protein Dronpa

C: Fluorescent protein Dronpa

E: Fluorescent protein Dronpa

登録者が定義した集合体
116 kDa, 4 ポリマー
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2

D: Fluorescent protein Dronpa

F: Fluorescent protein Dronpa

B: Fluorescent protein Dronpa

H: Fluorescent protein Dronpa

登録者が定義した集合体
116 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	80.837, 86.375, 143.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.06, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Fluorescent protein Dronpa 分子量: 29015.549 Da / 分子数: 8 / 変異: M159T, E218G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Echinophyllia sp. SC22 (無脊椎動物) 遺伝子: Dronpa / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5TLG6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl at pH 7.4, 0.1 M MgCl2, 18% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.195 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.195 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→39.524 Å / Num. obs: 59806 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 48.5 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4354 / CC_1/2: 0.853 / R_rim(I) all: 1.11 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13RC2_2986: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4UTS

4uts

解像度: 2.6→39.52 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 42.72

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.311	1992	3.33 %
R_work	0.263	-	-
obs	0.265	59738	98.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→39.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13887	0	0	77	13964

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	14508
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.392	19617
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.279	9700
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	2005
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2558

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.665	0.4781	140	0.4165	4060	X-RAY DIFFRACTION	97
2.665-2.7371	0.4921	144	0.4	4157	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7371-2.8176	0.4494	143	0.3777	4134	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8176-2.9085	0.4402	142	0.379	4113	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9085-3.0124	0.3887	139	0.3529	4113	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0124-3.133	0.3137	142	0.3339	4132	X-RAY DIFFRACTION	99
3.133-3.2755	0.3625	143	0.2941	4122	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2755-3.4481	0.3298	141	0.2672	4090	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4481-3.664	0.3001	142	0.2605	4096	X-RAY DIFFRACTION	98
3.664-3.9467	0.2754	141	0.2398	4064	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9467-4.3434	0.2774	143	0.2173	4173	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3434-4.9708	0.2678	144	0.1973	4139	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9708-6.2587	0.2436	144	0.2255	4191	X-RAY DIFFRACTION	99
6.2587-39.5286	0.2624	144	0.2203	4162	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4982	0.3385	0.4078	0.7582	-0.0158	0.9409	0.051	0.6387	0.3068	-0.3157	-0.1458	-0.0375	0.5062	0.209	0.0877	1.169	0.0044	0.0801	0.482	0.0228	0.4712	29.6848	17.8793	47.5623
2	8.665	2.1673	2.026	1.6133	0.0837	2.091	0.2761	0.0228	0.4452	-0.0054	-0.3145	0.1272	-0.3773	0.2531	0.045	1.0629	0.0715	0.0653	0.406	0.0213	0.467	24.0373	21.8062	47.1135
3	3.2958	-0.2429	1.1997	0.9485	0.2074	2.3283	-0.2794	0.8508	-0.6283	-0.7819	-0.2257	-0.3321	-0.064	0.9855	0.1414	0.5503	-0.149	-0.093	0.6016	0.1524	0.618	31.2376	23.8518	49.7765
4	1.739	-0.6444	-1.4965	2.983	0.3706	1.8248	-0.7174	-0.2772	0.1414	-0.1187	0.0091	0.0809	-0.0641	-0.1271	0.0815	0.8991	0.0932	-0.0508	0.4438	0.0429	0.4554	20.8994	22.9531	54.4426
5	0.0567	-0.132	-0.098	1.1523	-0.2877	1.7023	0.0846	-0.5248	-0.4563	-0.3205	-0.3291	-0.803	0.2094	0.6371	0.0786	0.7101	0.085	0.0375	0.6146	0.1632	0.6344	40.8465	11.3936	58.5006
6	1.363	-0.3723	-0.2698	0.9557	-0.3915	1.0601	0.1033	0.2955	-0.0301	-0.498	-0.1316	0.1431	-0.6585	0.0885	0.0915	0.6127	-0.051	0.0366	0.4916	0.0235	0.538	23.9237	13.4794	54.2153
7	1.6505	-0.5864	0.2867	1.3726	-0.0831	1.0936	-0.3796	-0.0618	-0.0141	0.1243	-0.0915	0.0746	-0.1924	-0.0177	0.1025	0.6421	0.0997	0.0428	0.3609	0.0863	0.5324	20.2255	20.0484	64.3053
8	2.5424	-2.4943	-0.9676	4.5953	1.2672	1.5848	-0.2927	-0.0264	-0.3488	-0.2414	0.1569	0.6917	-0.2317	-0.0865	0.1132	0.7047	0.0719	-0.0155	0.5633	0.0456	0.5496	22.662	21.9274	67.3338
9	0.3371	-0.2654	-0.2079	1.0594	0.7332	0.5218	-0.3685	0.1556	-0.1117	0.389	-0.2456	0.4619	0.3019	0.1315	0.0959	0.3344	0.1431	0.0143	0.5034	0.0522	0.58	23.0339	14.916	65.0145
10	0.5988	0.1507	0.3216	0.2226	0.3661	1.0449	-0.0413	-0.0943	0.0679	-0.3175	0.2041	0.0837	0.0493	0.3491	0.1037	0.9053	0.0089	0.0845	0.5566	-0.0049	0.5815	33.8994	16.6333	61.7985
11	1.6924	-0.8822	0.4001	1.8747	-1.0619	2.6993	0.0768	-0.0239	0.4517	-0.5803	-0.2881	-0.4064	-0.2679	0.535	0.291	0.8869	-0.1586	-0.1411	0.5615	0.0362	0.4845	30.6284	25.878	59.3876
12	2.0598	-0.3113	-0.2175	0.4853	0.4066	1.2641	0.3757	0.0307	-0.0312	0.0186	-0.2302	-0.0434	0.2793	-0.2436	0.1664	1.4924	0.0285	0.1082	0.6323	-0.0161	0.4332	44.5278	-22.2694	23.881
13	3.0403	-2.4961	2.2577	2.8886	-0.766	2.8113	0.3446	-0.3913	0.3314	0.4822	-0.1321	-0.0457	-0.3998	-0.1177	0.0149	1.2058	0.0077	0.0603	0.4852	-0.0022	0.5182	50.641	-18.2054	24.4038
14	1.7101	0.2916	-0.158	1.2433	-0.1194	1.0258	-0.1874	-0.0536	0.0168	0.2103	-0.099	-0.2197	-0.5333	-0.4468	0.0889	1.2079	-0.0017	-0.0046	0.563	-0.063	0.4845	49.8967	-15.949	19.901
15	0.7891	0.0886	-0.599	1.6054	0.291	1.9605	-0.3976	0.2549	-0.2725	0.9846	-0.2077	0.6873	-0.0157	-0.8945	0.0664	1.2307	-0.035	0.1161	0.7733	-0.2018	0.6113	34.0198	-28.2481	13.2859
16	0.5275	-0.0554	-0.142	0.7558	-0.3869	1.1577	-0.0213	-0.1322	0.1051	0.4552	-0.106	-0.0883	-0.4204	-0.0307	0.1019	1.1711	-0.0132	0.0569	0.4752	-0.05	0.5372	54.3078	-23.6755	15.5365
17	0.8875	0.3373	0.3654	0.3799	0.61	1.0925	-0.5611	-0.2915	-0.1762	-0.4695	0.3065	-0.19	-0.2175	-0.0706	0.0808	1.0527	-0.0166	0.1301	0.5339	-0.0547	0.514	47.8817	-23.3962	4.6763
18	0.896	-0.2724	-0.5503	1.2893	-1.4691	2.2649	0.2966	-0.0109	-0.02	0.6231	-0.3436	0.0486	0.0753	0.111	0.0684	1.121	-0.0009	0.1374	0.4616	-0.0349	0.4989	46.6697	-27.1798	7.3722
19	1.235	1.3609	1.4772	2.4936	1.2099	2.9757	-0.0451	0.2203	0.6535	0.2553	-0.3571	0.3213	-0.2692	-0.248	0.1812	1.2709	0.15	0.0953	0.7308	-0.0871	0.5757	44.161	-14.2029	11.6874
20	1.1575	-0.6062	-1.0255	2.2573	1.2581	1.8908	0.2516	0.1533	-0.1745	-1.0049	-0.263	0.122	-0.5294	-0.6079	0.1487	0.6068	0.1426	-0.004	0.6536	-0.0792	0.5046	38.127	-25.4837	45.0375
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22	1.2943	-0.1667	-1.4744	0.5071	0.6871	1.9177	0.3671	0.4339	-0.4697	-0.2914	-0.7986	0.2209	-1.2682	-1.2017	-0.3676	-1.4009	-0.0941	-0.1464	0.5725	-0.074	0.5052	45.9931	-26.4639	51.0078
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45	X-RAY DIFFRACTION	45	CHAIN 'G' AND (RESID 61 THROUGH 86 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	CHAIN 'G' AND (RESID 87 THROUGH 99 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	CHAIN 'G' AND (RESID 100 THROUGH 151 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	CHAIN 'G' AND (RESID 152 THROUGH 163 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	CHAIN 'G' AND (RESID 164 THROUGH 188 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	CHAIN 'G' AND (RESID 189 THROUGH 205 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	CHAIN 'G' AND (RESID 206 THROUGH 220 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	CHAIN 'H' AND (RESID 4 THROUGH 32 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	CHAIN 'H' AND (RESID 33 THROUGH 78 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	CHAIN 'H' AND (RESID 79 THROUGH 135 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	CHAIN 'H' AND (RESID 136 THROUGH 152 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	CHAIN 'H' AND (RESID 153 THROUGH 167 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	CHAIN 'H' AND (RESID 168 THROUGH 220 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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