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- PDB-1jdl: Structure of cytochrome c2 from Rhodospirillum Centenum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jdl
タイトルStructure of cytochrome c2 from Rhodospirillum Centenum
要素CYTOCHROME C2, ISO-2
キーワードELECTRON TRANSPORT / ALPHA HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c2 iso-2
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodospirillum centenum (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散, MIR,MOLECULAR REPLACEMENT / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Camara-Artigas, A. / Williams, J.C. / Allen, J.P.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Structure of cytochrome c2 from Rhodospirillum centenum.
著者: Camara-Artigas, A. / Williams, J.C. / Allen, J.P.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Interaction Between Cytochrome c2 and Reaction Centers from Purple Bacteria
著者: Wang, S. / Li, X. / Williams, J.C. / Allen, J.P. / Mathis, P.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Relationship Between Rate and Free Energy Difference for Electron Transfer from Cytochrome c2 to the Reaction Center in Rhodobacter sphaeroides.
著者: Lin, X. / Williams, J.C. / Allen, J.P. / Mathis, P.
履歴
登録2001年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C2, ISO-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6692
ポリマ－13,0531
非ポリマー6161
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.700, 59.900, 65.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C2, ISO-2 / C552


分子量: 13052.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodospirillum centenum (バクテリア) / 参照: UniProt: P81154
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.139 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 6000, potassium phosphate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 277 K
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
210 %PEG60001reservoir
30.1 Mphosphate1reservoirpH7

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12981
21
31
放射光源
由来タイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU RU200HB11.5418
回転陽極RIGAKU RU20021.5418
回転陽極RIGAKU RU20031.5418
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS IIC1IMAGE PLATE1999年10月10日
RIGAKU RAXIS IIC2IMAGE PLATE1999年10月12日
RIGAKU RAXIS IIC3IMAGE PLATE1999年10月15日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. all: 13248 / Num. obs: 13248 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 16.9 % / Biso Wilson estimate: 21.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 2986
反射 シェル解像度: 1.7→20 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 149 / Num. unique all: 1169 / % possible all: 88.4
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 223519 / Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 1.76 Å / % possible obs: 88.4 % / Num. unique obs: 1169

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散, MIR,MOLECULAR REPLACEMENT
開始モデル: PDB ENTRY 2c2c

2c2c


解像度: 1.7→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 1079 8.4 %random
Rwork0.19 ---
all-13248 --
obs-12801 95.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5 Å2-0.05 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.11 Å0.08 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数892 0 43 87 1022
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.47
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.7-1.760.2626810.2661X-RAY DIFFRACTION90788.4
1.76-1.830.25391220.2391X-RAY DIFFRACTION103997.9
1.83-1.910.18121390.1955X-RAY DIFFRACTION1117100
1.91-2.020.22011350.2002X-RAY DIFFRACTION1154100
2.02-2.140.18861240.1957X-RAY DIFFRACTION1174100
2.14-2.310.21041320.2093X-RAY DIFFRACTION1196100
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 8.4 % / Rfactor obs: 0.192 / Rfactor Rfree: 0.21 / Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 25.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0055
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.33
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.47
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.289 / Rfactor obs: 0.249

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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